Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,802,238 | A→T | 7.2% | A113A (GCA→GCT) | waaA → | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonic‑acid transferase (KDO transferase) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,802,238 | 0 | A | T | 7.2% | 1051.2 / 52.8 | 305 | A113A (GCA→GCT) | waaA | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonic‑acid transferase (KDO transferase) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (123/160); new base T (15/7); total (138/167) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.77e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 314 total aligned reads displayed.
GCAATCCCGTTGGTGCGCGCGCTGCGTCATCGTTATCCTGATTTACCGATTACCGTAACAACCATGACGCCAACCGGTTCGGAGCGCGTACAATCGGCTTTCGGGAAGGATGTTCAGCACGTTTATCTGCCGTATGATCTGCCCGATGCACTCAACCGTTTCCTGAATAAAGTCGACCCTAAACTGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTA > CP009273/3802089‑3802387 | aaTCCCGTTGGTGCGCGCGCTGCGTCATCGTTATCCTGATTTACCGATTACCGTAACAACCATGACGCCAACCGGTTCGGAGCGCGTACAATCGGCTTTCGGGAAGGATGTTCAGCACGTTTATCTGCCGTATGATCTGCCCGATGctct < 2:2651205/150‑1 (MQ=255) tCCCGTTGGTGCGCGCGCTGCGTCATCGTTATCCTGATTTACCGATTACCGTAACAACCATGACGCCAACCGGTTCGGAGCGCGTACAATCGGCTTTCGGGAAGGATGTTCAGCACGTTTATCTGCCGTATGATCTGCCCGATGCACTCa < 1:1297179/150‑1 (MQ=255) ccGTTGGTGCGCGCGCTGCGTCATCGTTATCCTGATTTACCGATTACCGTAACAACCATGACGCCAACCGGTTCGGAGCGCGTACAATCGGCTTTCGGGAAGGATGTTCAGCACGTTTATCTGCCGTATGATCTGCCCGATGCTCTCAAc > 1:4568886/1‑150 (MQ=255) ccGTTGGTGCGCGCGCTGCGTCATCGTTATCCTGATTTACCGATTACCGTAACAACCATGACGCCAACCGGTTCGGAGCGCGTACAATCGGCTTTCGGGAAGGATGTTCAGCACGTTTATCTGCCGTATGATCTGCCCGATGCTCTCAAc > 1:2012042/1‑150 (MQ=255) ccGTTGGTGCGCGCGCTGCGTCATCGTTATCCTGATTTACCGATTACCGTAACAACCATGACGCCAACCGGTTCGGAGCGCGTACAATCGGCTTTCGGGAAGGATGTTCAGCACGTTTATCTGCCGTATGATCTGCCCGATGCACTCAAc > 1:695740/1‑150 (MQ=255) cGTTGGTGCGCGCGCTGCGTCATCGTTATCCTGATTTACCGATTACCGTAACAACCATGACGCCAACCGGTTCGGAGCGCGTACAATCGGCTTTCGGGAAGGATGTTCAGCACGTTTATCTGCCGTATGATCTGCCCGATGCACTCAAcc < 1:3835635/150‑1 (MQ=255) cGTTGGTGCGCGCGCTGCGTCATCGTTATCCTGATTTACCGATTACCGTAACAACCATGACGCCAACCGGTTCGGAGCGCGTACAATCGGCTTTCGGGAAGGATGTTCAGCACGTTTATCTGCCGTATGATCTGCCCGATGCACTCAAcc < 1:3220341/150‑1 (MQ=255) cGTTGGTGCGCGCGCTGCGTCATCGTTATCCTGATTTACCGATTACCGTAACAACCATGACGCCAACCGGTTCGGAGCGCGTACAATCGGCTTTCGGGAAGGATGTTCAGCACGTTTATCTGCCGTATGATCTGCCCGATGCACTCAAcc < 1:1632201/150‑1 (MQ=255) cGTTGGTGCGCGCGCTGCGTCATCGTTATCCTGATTTACCGATTACCGTAACAACCATGACGCCAACCGGTTCGGAGCGCGTACAATCGGCTTTCGGGAAGGATGTTCAGCACGTTTATCTGCCGTATGATCTGCCCGATGCACTCAAcc < 2:582651/150‑1 (MQ=255) gTTGGTGCGCGCGCTGCGTCATCGTTATCCTGATTTACCGATTACCGTAACAACCATGACGCCAACCGGTTCGGAGCGCGTACAATCGGCTTTCGGGAAGGATGTTCAGCACGTTTATCTGCCGTATGATCTGCCCGATGCTCTCAACCg > 2:2607818/1‑150 (MQ=255) gTTGGTGCGCGCGCTGCGTCATCGTTATCCTGATTTACCGATTACCGTAACAACCATGACGCCAACCGGTTCGGAGCGCGTACAATCGGCTTTCGGGAAGGATGTTCAGCACGTTTATCTGCCGTATGATCTGCCCGATGCACTCAACCg > 1:3449364/1‑150 (MQ=255) tGGTGCGCGCGCTGCGTCATCGTTATCCTGATTTACCGATTACCGTAACAACCATGACGCCAACCGGTTCGGAGCGCGTACAATCGGCTTTCGGGAAGGATGTTCAGCACGTTTATCTGCCGTATGATCTGCCCGATGCACTCAACCGtt < 2:857048/150‑1 (MQ=255) ggTGCGCGCGCTGCGTCATCGTTATCCTGATTTACCGATTACCGTAACAACCATGACGCCAACCGGTTCGGAGCGCGTACAATCGGCTTTCGGGAAGGATGTTCAGCACGTTTATCTGCCGTATGATCTGCCCGATGCACTCAACCGttt < 2:2842248/150‑1 (MQ=255) 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cTGCCCGATGCACTCAACCGTTTACTGAATAAAGTCGACCCTAAACTGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCg < 1:3393146/150‑1 (MQ=255) tGCCCGATGCACTCAACCGTTTCCTGAATAAAGTCGACCCTAAACTGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCgg > 1:2029624/1‑150 (MQ=255) tGCCCGATGCACTCAACCGTTTCCTGAATAAAGTCGACCCTAAACTGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCgg > 1:3706380/1‑150 (MQ=255) cccGATGCTCTCAACCGTTTCCTGAATAAAGTCGACCCTAAACTGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGcc < 2:2951973/150‑1 (MQ=255) cccGATGCACTCAACCGTTTCCTGAATAAAGTCGACCCTAAACTGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGcc < 1:608736/150‑1 (MQ=255) cccGATGCACTCAACCGTTTCCTGAATAAAGTCGACCCTAAACTGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGcc < 1:4093174/150‑1 (MQ=255) cccGATGCACTCAACCGGTTCCTGAATAAAGTCGACCCTAAACTGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGcc < 2:1013578/150‑1 (MQ=255) ccGATGCACTCAACCGTTTCCTGAATAAAGTCGACCCTAAACTGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCg > 2:2873766/1‑150 (MQ=255) gATGCACTCACCCGTTTCCTGAATAAAGTCGACCCTACACGGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTACCCTGATTGCGGCGCTACATACACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCa < 1:2071876/150‑1 (MQ=255) gATGCACTCAACCGTTTCCTGAATAAAGTCGACCCTAACCTGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCa < 1:4476319/150‑1 (MQ=255) 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cACTCAACCGTTTCCTGAATAAAGTCGACCCTAAACTGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGtt < 1:3053403/150‑1 (MQ=255) aCTCAACCGTTTCCTGAATAAAGTCGACCCTAAACTGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTa > 2:1044025/1‑150 (MQ=255) | GCAATCCCGTTGGTGCGCGCGCTGCGTCATCGTTATCCTGATTTACCGATTACCGTAACAACCATGACGCCAACCGGTTCGGAGCGCGTACAATCGGCTTTCGGGAAGGATGTTCAGCACGTTTATCTGCCGTATGATCTGCCCGATGCACTCAACCGTTTCCTGAATAAAGTCGACCCTAAACTGGTGTTGATTATGGAAACCGAACTATGGCCTAACCTGATTGCGGCGCTACATAAACGTAAAATTCCGCTGGTGATCGCTAACGCGCGACTCTCTGCCCGCTCGGCCGCAGGTTA > CP009273/3802089‑3802387 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |