Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,835,154 | G→A | 31.6% | intergenic (‑55/+156) | nepI ← / ← yicN | putative transporter/DUF1198 family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,835,154 | 0 | G | A | 31.6% | 413.4 / 255.3 | 269 | intergenic (‑55/+156) | nepI/yicN | putative transporter/DUF1198 family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (105/79); new base A (27/58); total (132/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.33e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 |
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
AGACAGGCGACACAAAACGCCACCGAGAAAACGGCTGACCAGTTCGGTCGGGTGATGGCATCCGCGCCGCGGTTTTCGGCAATAAATTCACTCATGGTGTTACCCGTGGCATGTTTCAGGGGAAAAGCCGACCACTTTAACATTGAAATGTGTGACGCATTTAACGTTTTTGCAACTTTTACGGTGTTGCTTGAGCTGGAGTTAAGATCGAAACGGAACAGGGCAAAGATTACCGGATGCGGCGTGAACGTCTTATCCACCCGACAGGTCAGGCGCGGTCTGTAGGCTGATAAGACGA > CP009273/3835005‑3835302 | aGACAGGCGACACAAAACGCCACCGAGAAAACGGCTGACCAGTTCGGTCGGGTGATGGCATCCGCGCCGCGGTTTTCGGCAATAAATTCACTCATGGTGTTACCCGTGGCATGTTTCAGGGGAAAAGCCGACCACTTTAACATTGAAAtg < 2:1880570/150‑1 (MQ=255) gACAGGCGACACAAAACGCCACCGAGAAAACGGCTGACCAGTTCGGTCGGGTGATGGCATCCGCGCCGCGGTTTTCGGCAATAAATTCACTCATGGTGTTACCCGTGGCATGTTTCAGGGGAAAAGCCGACCACTTTAACATTGAAAtgt < 1:2401444/150‑1 (MQ=255) gACAGGCGACACAAAACGCCACCGAGAAAACGGCTGACCAGTTCGGTCGGGTGATGGCATCCGCGCCGCGGTTTTCGGCAATAAATTCACTCATGGTGTTACCCGTGGCATGTTTCAGGGGAAAAGCCGACCACTTTAACATTGAAAtgt > 1:4110583/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |