| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,894,614 | C→A | 25.0% | A323S (GCA→TCA) | bglH ← | carbohydrate‑specific outer membrane porin, cryptic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,894,614 | 0 | C | A | 25.0% | 653.3 / 191.2 | 280 | A323S (GCA→TCA) | bglH | carbohydrate‑specific outer membrane porin, cryptic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (106/104); new base A (38/32); total (144/136) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.59e-01 | |||||||||||
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
AAAGTTACTGGCGATAGAGTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTCGCGAA > CP009273/3894465‑3894763 | aaaGTTACTGGCGATAGAGTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATgc < 1:1605012/150‑1 (MQ=255) aaGTTACTGGCGATAGAGTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATgcg < 1:628472/150‑1 (MQ=255) tACTGGCGATAGAGTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTACAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCAGATGAGCttt > 1:4021912/1‑150 (MQ=255) gCGATAGAGTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGttt < 1:2927217/150‑1 (MQ=255) gATAGAGTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGAGCTTTCGTTTGc < 2:1346960/150‑1 (MQ=255) aTAGAGTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGAGCTTTCGTTTGcc < 2:555993/150‑1 (MQ=255) tAGAGTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCg < 1:3675839/150‑1 (MQ=255) tAGAGTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCg < 1:4069190/150‑1 (MQ=255) gagTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTATCGTTTGCCGTg > 1:3471001/1‑150 (MQ=255) agTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGa > 2:3981498/1‑150 (MQ=255) tATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACAt > 1:4632150/1‑150 (MQ=255) ttCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTACCGTGACATaa < 1:1581348/150‑1 (MQ=255) ttCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTACCGTGACATaa < 1:2058502/150‑1 (MQ=255) tCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTGGTTTGCCGTGACATAAc < 2:1996062/150‑1 (MQ=255) tCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAAc < 1:3873625/150‑1 (MQ=255) cgACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGAc > 1:642411/1‑150 (MQ=255) cgACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGCTATTATCCTGATTATCTTTGTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGAc < 2:3030308/150‑1 (MQ=255) ccAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCAc < 2:3788902/150‑1 (MQ=255) cAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACt > 1:2884479/1‑150 (MQ=255) aggaGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCa < 2:1023752/150‑1 (MQ=255) agaATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTa < 1:1009463/150‑1 (MQ=255) agaATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGAGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTa > 2:3081577/1‑150 (MQ=255) gTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGAGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGc > 2:370937/1‑150 (MQ=255) gCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATc > 1:622846/1‑150 (MQ=255) cACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATccc < 1:2947635/150‑1 (MQ=255) ccTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCAt < 2:902617/150‑1 (MQ=255) cTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATa > 2:730460/1‑150 (MQ=255) tttATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATaa > 2:2247215/1‑150 (MQ=255) tATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACg < 2:4028503/150‑1 (MQ=255) tATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACg > 1:4246762/1‑150 (MQ=255) tATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGAGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACg > 2:1275996/1‑150 (MQ=255) aTCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGAGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACgg < 2:3915399/150‑1 (MQ=255) tCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACggg < 1:1117558/150‑1 (MQ=255) aaaTTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGat < 2:2385655/150‑1 (MQ=255) aaTTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGata > 1:1724723/1‑150 (MQ=255) aaTTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGAGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGata < 1:3080347/150‑1 (MQ=255) aTTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGatat > 1:2764918/1‑150 (MQ=255) aTTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGatat > 1:373353/1‑150 (MQ=255) aTTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGAGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGatat < 2:2842779/150‑1 (MQ=255) tttATGCTTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATc < 1:4424730/150‑1 (MQ=255) ttCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCt > 1:2990252/1‑150 (MQ=255) tCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCtt > 2:4446415/1‑150 (MQ=255) gCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTtat < 1:3227393/150‑1 (MQ=255) aaaGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGt < 2:2930237/150‑1 (MQ=255) aaaGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGt < 2:675458/150‑1 (MQ=255) aaaGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGAGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGt > 1:3437268/1‑150 (MQ=255) aaaGATGTGCCAAACATCCAGGTATCGTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCATTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGt < 2:316609/150‑1 (MQ=255) aaGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTa > 1:990396/1‑150 (MQ=255) aTGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAAt < 2:1928192/150‑1 (MQ=255) gtgCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCa < 2:3455616/150‑1 (MQ=255) tgCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCTTAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCaa > 1:3027445/1‑150 (MQ=255) tgCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCaa > 1:3277007/1‑150 (MQ=255) gCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAAt > 2:49561/1‑150 (MQ=255) gCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAAt < 1:864871/150‑1 (MQ=255) ccAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAAtg > 2:1529951/1‑150 (MQ=255) ccAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAAtg < 2:571591/150‑1 (MQ=255) cAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAAtgg < 1:3969591/150‑1 (MQ=255) aaCATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAAtggta > 2:4308894/1‑150 (MQ=255) cATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGAGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAAtggtatt < 2:2958298/150‑1 (MQ=255) aTCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAAtggtattg < 1:4716627/150‑1 (MQ=255) tCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAAtggtattgg > 2:699349/1‑150 (MQ=255) ccAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAAtggtattggt > 1:2456563/1‑150 (MQ=255) cAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAAtggtattggta > 1:1197435/1‑150 (MQ=255) gTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTa > 1:1365037/1‑150 (MQ=255) gTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTa > 1:4586624/1‑150 (MQ=255) tATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTaa > 1:2017805/1‑150 (MQ=255) aTCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAAt > 2:4560888/1‑150 (MQ=255) aTCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAAt > 2:1114805/1‑150 (MQ=255) tCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATc > 2:645121/1‑150 (MQ=255) tCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATc > 2:3926057/1‑150 (MQ=255) ttCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATctgc < 2:4631812/150‑1 (MQ=255) ttCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTGACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATctgc < 2:4632344/150‑1 (MQ=255) ccAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCTTAAATCAATGGTATTGGTATTAATctgctg < 1:1618780/150‑1 (MQ=255) cAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCtgt > 1:2540929/1‑150 (MQ=255) aGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCtgtt < 1:1758720/150‑1 (MQ=255) cATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATCACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCtgtttgt < 1:4499171/150‑1 (MQ=255) aataCCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGAGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGtttt < 1:89708/150‑1 (MQ=255) ataCCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTg > 2:3178237/1‑150 (MQ=255) taCCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGc > 1:1232045/1‑150 (MQ=255) cccGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAg > 2:4677628/1‑150 (MQ=255) ccGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAgg > 2:1738942/1‑150 (MQ=255) ccGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAgg > 1:948014/1‑150 (MQ=255) cGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGc > 2:4509628/1‑150 (MQ=255) gTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCt > 1:1530292/1‑150 (MQ=255) ttatCTTGATTATCTTTTTCCTATGCGCGTTCGTTTGCGGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGATTTATCCCATTTCGGGATTTCTTTATTGCGTAAATCAATGGTATTGTTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCTGGCTGCGa < 2:3260318/150‑1 (MQ=255) ttatCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGa > 2:215990/1‑150 (MQ=255) atCCTGATTATCTTTTTCCGATTAGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATc > 2:865582/1‑150 (MQ=255) atCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATc > 2:3548644/1‑150 (MQ=255) atCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATc > 2:2525760/1‑150 (MQ=255) atCCTGATTATCTTTTTCCGATGAGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATc > 1:2595582/1‑150 (MQ=255) atCATGATTATCTTTTTCCGATGAGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATATTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATc > 1:535162/1‑150 (MQ=255) aTTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAatc > 2:3756169/1‑150 (MQ=255) ttATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAatca < 2:1377064/150‑1 (MQ=255) aTCTTTTTCCGATGAGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAatcatc > 2:2698656/1‑150 (MQ=255) aTCTTTTTCCGATGAGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAatcatc < 1:1920648/150‑1 (MQ=255) tttttCCGATGAGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGAc < 1:1275996/150‑1 (MQ=255) tttCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACAt < 1:2247215/150‑1 (MQ=255) ccGATGAGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCtt > 2:1780888/1‑150 (MQ=255) gATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTcg > 2:2058487/1‑150 (MQ=255) gATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTcg < 2:4245805/150‑1 (MQ=255) | AAAGTTACTGGCGATAGAGTTATTCGCGACCAGGAAGGAGAATTCGTTGAAGCCACCTTTATCAAATTTCTGCGTTAAAGATGTGCCAAACATCCAGGTATCTTTCCAGTCATAATACCCGTTATTATCCTGATTATCTTTTTCCGATGCGCTTTCGTTTGCCGTGACATAACGACCACTTACCATTAAGGTGGCTTTATCCCATAACGGGATATCTTTATAGCGTAAATCAATGGTATTGGTATTAATCTGCTGTTTGTTTTGCAGGCTGCGATCGTAATCATCGACATCTTCGCGAA > CP009273/3894465‑3894763 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |