| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,952,817 | T→G | 8.9% | intergenic (+12/+75) | ilvC → / ← ppiC | ketol‑acid reductoisomerase, NAD(P)‑binding/peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C (rotamase C) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,952,817 | 0 | T | G | 8.9% | 567.0 / 17.8 | 222 | intergenic (+12/+75) | ilvC/ppiC | ketol‑acid reductoisomerase, NAD(P)‑binding/peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase C (rotamase C) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/167); new base G (23/2); total (53/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.24e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
GCTATTCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAA‑TGATGTGATATCCGAACTGGGTGTGCAGCGGGCCGGTCGGCTCCAGTACC > CP009273/3952668‑3952964 | gCTATTCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAATCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGAt < 2:778198/150‑1 (MQ=255) tATTCCGGAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGc > 2:1180137/1‑150 (MQ=255) gAAGGCGCGGTAGATAACGGGCAACTGCGTGATGTGAACGAAGCGATTCGCAGCCATGCGATTGAGCAGGTAGGTAAGAAACTGCGCGGCTATATGACAGATATGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCAcc < 1:3272084/150‑1 (MQ=255) 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atatGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCACGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAA‑TGATGTGATATc < 1:586555/150‑1 (MQ=255) tatGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAA‑TGATGTGATATcc < 1:465955/150‑1 (MQ=255) tatGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCCCACCCCCACCCACTCCCACCCGGCGAGGGAGAAAAAACACAAAGCCATCTCCGGGCGAAAGCCCGGCGAATATTTTCGGGACCCCCCCATAA‑TGATTTGctaaac > 2:2751294/1‑147 (MQ=255) atGAAACGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGATGCCCTCACCCCGACCCTCTCCCACAGGGAGAGGGAGAAAACACTCAAGGCCTTCTCCTGGAGAAGGCCTTGCTATTAGTTGCGGTACAGCACCTTAA‑TGATGTGATATCCg < 2:1352692/150‑1 (MQ=255) aCGTATTGCTGTTGCGGGTTAAGTGCGCGCTGAGGCCCTCACCCCCACCCACTCCCCCACGGCGTGGGGGAAAAAACACAAGGCCATCACCAGGCGCACGCCGTGCTATTATTTGGGGTACACCACCAAAA‑TGATGTGTTATACGAAcag > 2:4554545/1‑148 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |