Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,167,908 | T→A | 10.5% | W80R (TGG→AGG) | nusG → | transcription termination factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,167,908 | 0 | T | A | 10.5% | 925.7 / 80.8 | 285 | W80R (TGG→AGG) | nusG | transcription termination factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (123/132); new base A (18/12); total (141/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.09e-01 |
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
TCAAATTACACAACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGTTTGAA > CP009273/4167759‑4168057 | tCAAATTACACAACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCt > 1:2593012/1‑150 (MQ=255) aaTTACACAACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGc > 1:4534733/1‑150 (MQ=255) ttACACAACATGGAAGATTTGTTTGGTTAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGAAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCAc > 1:2797634/1‑150 (MQ=255) ttACACAACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCAc > 1:80817/1‑150 (MQ=255) acaacaTGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTgg < 2:1012200/150‑1 (MQ=255) acaacaTGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTgg > 2:891062/1‑150 (MQ=255) caacaTGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGt > 1:2888297/1‑150 (MQ=255) caTGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTgcg < 2:3247094/150‑1 (MQ=255) caTGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTgcg < 2:337135/150‑1 (MQ=255) aTGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTgcgc > 2:846933/1‑150 (MQ=255) aTGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTgcgc > 2:2966811/1‑150 (MQ=255) aTGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTgcgc > 2:3041166/1‑150 (MQ=255) tGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCa > 1:3900315/1‑150 (MQ=255) gtaaGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAg < 1:2816504/148‑1 (MQ=255) ggAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAg > 1:3814259/1‑150 (MQ=255) aaGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCg < 1:2026373/150‑1 (MQ=255) gATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTa > 1:3538036/1‑150 (MQ=255) tttgtttgGTGAAGTCATGGTACCAACCTAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACTTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTAcc < 1:411772/150‑1 (MQ=255) ttgtttgGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACcg > 2:355981/1‑150 (MQ=255) tgtttgGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACcgc > 1:2905625/1‑150 (MQ=255) tGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGAt < 1:3473229/150‑1 (MQ=255) tCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCt < 1:2400370/150‑1 (MQ=255) cATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCtt < 1:1915482/150‑1 (MQ=255) tGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCa < 2:4223334/150‑1 (MQ=255) gTACCACCCGAAGAAGTGGTTGACATCCGGGGCGGTCAGCGGCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTGCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATc < 2:3912859/150‑1 (MQ=255) aCCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATcgg > 2:3513575/1‑150 (MQ=255) aCCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATcgg > 1:1723496/1‑150 (MQ=255) ccAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATcggc > 1:483930/1‑150 (MQ=255) gaagTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCTAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTcc > 1:402567/1‑150 (MQ=255) agTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGa < 1:115188/150‑1 (MQ=255) gTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGAt < 2:4373770/150‑1 (MQ=255) tGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATc < 1:1543657/150‑1 (MQ=255) tGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATc < 1:1167681/150‑1 (MQ=255) 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cGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGa > 2:560682/1‑150 (MQ=255) cGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGa > 2:4595088/1‑150 (MQ=255) gTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGAt > 1:4168380/1‑150 (MQ=255) gTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGAt > 1:3988680/1‑150 (MQ=255) ttCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATa < 2:4752444/150‑1 (MQ=255) ttCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATa > 2:3721920/1‑150 (MQ=255) tCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATaa < 1:847045/150‑1 (MQ=255) tCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATaa > 1:2700479/1‑150 (MQ=255) cAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAg < 2:2797634/150‑1 (MQ=255) aGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGc > 2:2221250/1‑150 (MQ=255) aGATGGTGATGAACGACGCGAGCAGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGc < 1:1744100/150‑1 (MQ=255) aTGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCcg < 2:1127202/150‑1 (MQ=255) atgaACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCg > 2:1351901/1‑150 (MQ=255) aaCGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGaaa > 1:3872054/1‑150 (MQ=255) acgacgCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGaaaa > 2:4292745/1‑150 (MQ=255) acgCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGc < 2:2296830/150‑1 (MQ=255) gAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGtt < 1:4265869/150‑1 (MQ=255) gAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGtt > 2:607561/1‑150 (MQ=255) aGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGttt > 1:4594873/1‑150 (MQ=255) aGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGttt > 1:3704678/1‑150 (MQ=255) gCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGGTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGTTTg > 2:2546949/1‑150 (MQ=255) tGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGTTTGaa > 1:10145/1‑150 (MQ=255) | TCAAATTACACAACATGGAAGATTTGTTTGGTGAAGTCATGGTACCAACCGAAGAAGTGGTTGAAATCCGTGGCGGTCAGCGTCGCAAAAGCGAACGTAAATTCTTCCCTGGCTACGTCCTCGTTCAGATGGTGATGAACGACGCGAGCTGGCACCTGGTGCGCAGCGTACCGCGTGTGATGGGCTTCATCGGCGGTACTTCCGATCGTCCTGCGCCAATCAGCGATAAAGAAGTCGATGCGATTATGAACCGCCTGCAGCAGGTTGGTGATAAGCCGCGTCCGAAAACGCTGTTTGAA > CP009273/4167759‑4168057 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |