| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 4,241,633 | 0 | C | T | 31.9% | 173.9 / 111.8 | 119 | pseudogene (745/1323 nt) | yjbI | pseudogene, SopA‑related, pentapeptide repeats‑containing |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (44/37); new base T (23/15); total (67/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.30e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CCAGATAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGTTATATCCATTCTGATGAAGATAACAAGTTCGATGATTTTATGCGTCAACATCGATTCAGTGAGGTGAATTTCGATACCCAACAGATGATCGATTTTATTAACAGATTTAATACGAATAAATGGCTAATTGATAAAAATAACAAT > CP009273/4241489‑4241782 | ccAGATAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATACGCAGt > 2:4084838/1‑150 (MQ=255) aGATAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCACTTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCCCATTATATGCAGTta > 1:3883860/1‑150 (MQ=255) gATAATGCAATGATATTGAAATCCGTTCTGGCCGTAAAACTGGTGATGCAATTAAAAATACTTAATATTGTTAATAAAAACTTTATTGAGAATATGAAGAAAATATTTAGCCATTGTCCTTATATAAAAGATCACATTATACGCAGTtat > 1:2843866/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |