| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 4,481,249 | A→T | 24.9% | V365E (GTG→GAG) | idnT ← | L‑idonate and D‑gluconate transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 4,481,249 | 0 | A | T | 24.9% | 419.3 / 156.5 | 209 | V365E (GTG→GAG) | idnT | L‑idonate and D‑gluconate transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (69/88); new base T (22/30); total (91/118) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
TACGCAACGTTTCACCAACCGTCAGATTAAAATACCCTTTAAATAGCCAGAAGCCAGGGTCGTTTACGTGTGACGCGATCACGCTGCCCGCACCGGTTGCCAGTACCATTAAAGCGGGATCGGCATGGGTAACGTTGATAATCGGCAACACCAC‑ACCCGCGGTGGTAATGGCCGCGACGGTGGCAGAGCCCAGAGCGATACGCAACAGCGCCGCAACAGTCCAGCACATCAATAACGGCGAAAGTGTAGTTCCGGTCATTAAGTGTGAAATATAGTGCCCGACACCGCTATCTACTAAT > CP009273/4481100‑4481398 | cAACGTTTCACCAACCGTCAGATTAAAATACCCTTTAAATAGCCAGAAGCCAGGGTCGTTTTCGTGTGACGCGATCACGCAGCCCGCACCCGGTGCCAGTACCAATAAACCGGGATCGGCCTGGGGAACGTTGATAATCGGCAacaccac > 2:886480/1‑150 (MQ=255) aaCGTTTCACCAACCGTCAGATTAAAATACCCTTTAAATAGCCAGAAGCCAGGGTCGTTTAAGTGTGACGCGATCACGCTGCCCGCACCGGTTTCCAGTACAATTAAAGCGGGATCGGCATGGGTAACGTTGATAATAGGCAacaccac‑a > 2:3566777/1‑150 (MQ=255) aaCGTTTCACCAACCGTCAGATTAAAATACCCTTTAAATAGCCAGAAGCCAGGGTCGTTTAAGTGTGACGCGATCACGCTGCCCGCACCCGTTGCCAGTACCATTAAAGCGGGATCGGCATGGGTAACCTTGATAATCGGCAacaccac‑a > 2:3568520/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |