Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,515,068 | G→T | 17.8% | L185I (CTT→ATT) | yjhI ← | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,515,068 | 0 | G | T | 17.8% | 641.6 / 87.3 | 216 | L185I (CTT→ATT) | yjhI | putative DNA‑binding transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (98/79); new base T (18/21); total (116/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
ATAGCTGTCTATCTTATTTCCTGAATAAACTACCGGATCGCCAGAAAGTGAGATTGCATAGTTAACTCTGTTATACATATTGAATACCGGCATACTTAAACATACCGCCCCATAGGTTGATTCTTCGTTGTCTATGGCCCATCCCCGAAGGCGTGTTTTTTGTAATTCTTCCAGAAACAATTTTTTATCGGTAAATGTATTGCGCGTATGTGGAGTTAACGTGAGTGCTTCTAAAAAATAATCCAGTTCTTCTCGTGTCTTCCAGGCTAATAATGCCTTACCCAACGCGGTAATATGCA > CP009273/4514919‑4515217 | aTAGCTGTCTATCTTATTTCCTGAATAAACTACCGGATCGCCAGAAAGTGAGATTGCATAGTTAACTCTGTTATACATATTGAATACCGGCATACTTAAACATACCGCCCCATAGGTTGATTCTTCGTTGTCTATGGCCCATCCCCGAAg > 2:1498527/1‑150 (MQ=255) aTAGCTGTCTATCTTATTTCCTGAATAAACAACCGGAACGCCAGAAAGAGAGATTGCATAGTTAACTCTGTTATACATATTGAATACCGGCATACTTAAACATACCGCCCCATAGGTTGATACTTCGTTGTCTATGGCCCATCCCCGAAg > 1:438865/1‑150 (MQ=255) tAGCTGTCTATCTTATTTCCTGAATAAACTACCGGATCGCCAGAAAGTGAGATTGCATAGTTAACTCTGTTATACATATTGAATACCGGCATACTTAATCATACCGCCCCATAGGTTGATTCTTCGTTGTCTATGGCCCATCCCCGAAgg > 2:2599903/1‑150 (MQ=255) tAGCTGTCTATCTTATTTCCTGAATAAACTACCGGATCGCCAGAAAGTGAGATTGCATAGTTAACTCTGTTATACATATTGAATACCGGCATACTTAAACATACCGCCCCATAGGTTGATTCTTCGTTGTCTATGGCCCATCCCCGAAgg > 2:1724476/1‑150 (MQ=255) tAGCTGTCTATCTTATTTCCTGAATAAACTACCGGATCGCCAGAAAGTGAGATTGCATAGTTAACTCTGTTATACATATTGAATACCGGCATACTTAAACATACCGCCCCATAGGTTGAGTCTTCGTTGTCTATGGCCCATCCCCGAAgg > 1:2412389/1‑150 (MQ=255) aGCTGTCTATCTTATTTCCTGAATAAACTACCGGATCGCCAGAAAGTGAGATTGCATAGTTAACTCTGTTATACATATTGAATACCGGCATACTTAAACATACCGCCCCATAGGTTGATTCTTCGTTGTCTATGGCCCATCCCCGAAGGc > 1:1749357/1‑150 (MQ=255) gCTGTCTATCTTATTTCCTGAATAAACTACCGGATCGCCAGAAAGTGAGATTGCATAGTTAACTCTGTTATACATATTGAATACCGGCATACTTAAACATACCGCCCCATAGGTTGATTCTTCGTTGTCTATGGCCCATCCCCGAAGGCg < 2:2204729/150‑1 (MQ=255) ttCTATCTTATTTCCTGAATAAACTACCGGATCGCCAGAAAGTGAGATTGCATAGTTAACTCTGTTTTACATATTGAATACCGGCATACTTAAACATACCGCCCCATAGGTTGATTCTTCGTTGTCTATGGCCCATCCCCGAAGGCgtgt < 2:1788194/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |