| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,603,144 | C→A | 7.6% | T306N (ACT→AAT) | yjjU → | putative patatin‑like family phospholipase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,603,144 | 0 | C | A | 7.6% | 545.4 / 2.1 | 205 | T306N (ACT→AAT) | yjjU | putative patatin‑like family phospholipase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (79/98); new base A (23/2); total (102/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.05e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
CCGGGCAAGCTGCGGATATTCGAAATTTATCCGCCGAAGCCATTACATAGTATCGCGCTTGGCAGTCGGATTCCGGCGCTGCGTGAAGACTATAAACTTGGGCGTTTATGCGGTCGTTATTTCCTCGCCA‑CGGTTGGCAAGCTATTAACTGAAAAAGCGCCGC‑TTACCCGCCATCTGGTGCCAGTGGTGACGCCGGAATCGATTGTCATTCCGCCTGCGCCAGTCGCCAACGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAT > CP009273/4602996‑4603292 | ccGGGCAAGCTGCGGATATTCGAAATTTATCCGCCGAAGCCATTACATAGTATCGCGCTTGGCAGTCGGATTCCGGCGCTGCGTGAAGACTATAAACTTGGGCGTTTATGCGGTCGTTATTTCCTCGCCA‑CGGTTGGCAAGCTATTAACt < 2:1059271/150‑1 (MQ=255) aaGCTGCGGATATTCGAAATTTATCCGCCGAAGCCATTACATAGTATCGCGCTTGGCAGTCGGATTCCGGCGCTGCGTGAAGACTATAAACTTGGGCGTTTATGCGGTCGTTTTTTAATCGCCC‑CCGGTTGCCACCTATTTACATaaaaa > 1:3320841/1‑150 (MQ=255) aaGCTGCGGATATTCGAAATTTATCCGCCGAAGCCATTACATAGTATCGCGCTTGGCAGTCGGATTCCGGCGCTGCGTGAAGACTATAAACTTGGGCGTTTATGCGGTCGTTATTTCCTCGCCA‑CGGTTGGCAAGCTATTAACTGaaaaa < 2:806193/150‑1 (MQ=255) aaGCTGCGGATATTCGAAATTTATCCGCCGAAGCCATTACATAGTATCGCGCTTGGCAGTCGGATTCCGGCGCTGCGTGAAGACTATAAACTTGGGCGTTTATGCGGTCGTTATTTCCTCGCCA‑CGGTTGGCAAGCGATTAACTGaaaaa > 2:3814689/1‑150 (MQ=255) aaGCTGCGGATATTCGAAATTTATCCGCCGAAGCCATTACATAGTATCGCGCTTGGCAGTCGGATTCCGGCGCTGCGTGAAGACTATAAACTTGGGCGTTTATGCGGTCGTTATTTACACGCCC‑CCGTTGGGAAGCGATTAAATTaaaaa > 1:1477360/1‑150 (MQ=255) aGCTGCGGATATTCGAAATTTATCCGCCGAAGCCATTACATAGTATCGCGCTTGGCAGTCGGATTCCGGCGCTGCGTGAAGACTATAAACTTGGGCGTTTATGCGGTCGTTATTTCCTCGCCA‑CGGTTGGCAAGCTATTAACTGAAAAAg < 1:2873189/150‑1 (MQ=255) aGCTGCGGATATTCGAAATTTATCCGCCGAAGCCATTACATAGTATCGCGCTTGGCAGTCGGATTCCGGCGCTGCGTGAAGACTATAAACTTGGGCGTTTATGCGGTCGTTATTTACTCGCCA‑CGGTTGGGAAGCGATTAACTGAAAAAg > 2:3933838/1‑150 (MQ=255) aGCTGCGGATATTCGAAATTTATCCGCCGAAGCCATTACATAGTATCGCGCTTGGCAGTCGGATTCCGGCGCTGCGTGAAGACTATAAACTTGGGCGTTTATGCGGTCGTGATTTCCTAGGCA‑CGGTTGGCACGCTAGTAACTGAAAAAg > 2:629184/1‑150 (MQ=255) 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aaTTTATCCGCCGAAGCCATTACATAGTATCGCGCTTGGCAGTCGGATTCCGGCGCTGCGTGAAGACTATAAACTTGGGCGTTTATGCGGTCGTTTTTTACTCGCCC‑CGGGTGGCAAGCTATTTACTGAAAAAGCGCCGC‑TTACCCGCCa > 2:910000/1‑150 (MQ=255) tttATCCGCCGAAGCCATTACATAGTATCGCGCTTGGCAGTCGGATTCCGGCGCTGCGTGAAGACTATAAACTTGGGCGTTTATGCGGTCGTTATTTCCTCGCCA‑CGGTTGGCAAGCTATTAACTGAAAAAGCGCCGC‑TTACCCGCCATc < 2:1097780/150‑1 (MQ=255) tATCCGCCGAAGCCATTACATAGTATCGCGCTTGGCAGTCGGATTCCGGCGCTGCGTGAAGACTATAAACTTGGGCGTTTATGCGGTCGTTATTTCCTCGCCA‑CGGTTGGCAAGCTATTAACTGAAAAAGCGCCGC‑TTACCCGCCATCTg < 2:4628185/150‑1 (MQ=255) tATCCGCCGAAGCCATTACATAGTATCGCGCTTGGCAGTCGGATTCCGGCGCTGCGTGAAGACTATAAACTTGGGCGTTTATGCGGTCGTTATTTACTCGCCA‑CGGTTGGCAAGCTATTAACTGAAAAAGCGCCGC‑TTACCCGCCctctt > 2:1473897/1‑149 (MQ=255) aTCCGCCGAAGCCATTACATAGTATCGCGCTTGGCAGTCGGATTCCGGCGCTGCGTGAAGACTATAAACTTGGGCGTTTATGCGGTCGTTTTTTACACGCCA‑CGGTTGGCAAGCGATTAAATGAAAAAGCGCCGC‑TTACCCGcccaaggg > 1:3490737/1‑144 (MQ=255) 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aaCTTAAAAAGCGCCGG‑TTACCCGCCTTCTGGTGCCTGTGGTGACGCCGTATTCGTTTGTCTTTCGGCCTGCGCCAGTCGCCAACTATAGGGTGGTTGCCTATGTTAGCGACGCTCCGCTGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGa < 1:2276956/150‑1 (MQ=255) aCTGAAAAAGCGCCGC‑TTACCCGCCATCTGGTGCCAGTGGTGACGCCGGAATCGATTGTCATTCCGCCTGCGCCAGTCGCCAACGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAt > 1:4458997/1‑150 (MQ=255) | CCGGGCAAGCTGCGGATATTCGAAATTTATCCGCCGAAGCCATTACATAGTATCGCGCTTGGCAGTCGGATTCCGGCGCTGCGTGAAGACTATAAACTTGGGCGTTTATGCGGTCGTTATTTCCTCGCCA‑CGGTTGGCAAGCTATTAACTGAAAAAGCGCCGC‑TTACCCGCCATCTGGTGCCAGTGGTGACGCCGGAATCGATTGTCATTCCGCCTGCGCCAGTCGCCAACGATACGCTGGTTGCCGAAGTGAGCGACGCTCCGCAGGCGAACGACCCGACATTTAACAATGAGGAT > CP009273/4602996‑4603292 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |