New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 1089701 = | NA (NA) | 7 (0.030) | 5/276 | NT | NA | noncoding (1258/1258 nt) | IS3 | repeat region |
? | CP009273 | = 1427905 | NA (NA) | coding (27/591 nt) | pinR | Rac prophage; putative site‑specific recombinase |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
ACCAGGACGCTCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTATGCAACCCCGT > CP009273/1427776‑1428053 | aCCAGGACGCTCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTc < 2:2135960/149‑1 (MQ=11) ggACGCTCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCgaga > 2:3671493/1‑149 (MQ=32) gaaattcaggcgaatgctgtttacggggttttttactggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaATCCGACAGTAAGCAAAAATTCgaga > 1:40037‑M2/124‑149 (MQ=255) gACGCTCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGAc < 2:4311768/149‑1 (MQ=32) cGCTCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACAt < 1:4269840/149‑1 (MQ=32) cTCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTACTGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAg < 2:3269662/149‑1 (MQ=17) cTCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAg < 2:968151/149‑1 (MQ=32) cTCACGGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAg > 2:1152829/1‑149 (MQ=17) tCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGt < 1:390687/149‑1 (MQ=32) cACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTg < 2:1623566/149‑1 (MQ=32) cTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTgag > 2:3615864/1‑149 (MQ=32) ttGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCAATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGActc > 1:1035132/1‑149 (MQ=17) ctgctgAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCtat < 1:1854294/149‑1 (MQ=32) ctgctgAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCtat < 2:2022978/149‑1 (MQ=32) tgAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGa < 1:3105041/149‑1 (MQ=32) gAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGaa > 1:2240784/1‑149 (MQ=32) aGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGaaa > 1:378755/1‑149 (MQ=32) gCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAAt < 2:258996/149‑1 (MQ=32) gCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAAt < 1:3949501/149‑1 (MQ=32) 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gtTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTtcata < 1:4410603/149‑1 (MQ=32) actggttgatactgtttttgtcatgtgagtcacctctgactgagagtttactcacttagccgcgtgtccactattgctgggtaagatcaATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTtcata > 1:534476‑M2/90‑149 (MQ=255) ttcttcGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTtcatat < 2:1572656/149‑1 (MQ=32) ttcttcGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTtcatat < 2:1572569/149‑1 (MQ=32) ttcGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTtcatatcat > 2:52173/1‑149 (MQ=32) 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gATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAAt > 1:1000830/1‑149 (MQ=32) aTCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATg > 2:4564954/1‑149 (MQ=32) tCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGc < 2:1986442/149‑1 (MQ=32) ggtaagatcaATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGt > 2:513330‑M2/11‑149 (MQ=255) cAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATACCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGt > 1:3465682/1‑149 (MQ=17) aGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTa < 1:2101714/149‑1 (MQ=32) aGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTa < 1:165608/149‑1 (MQ=32) gCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTAt > 2:3748429/1‑149 (MQ=32) tGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTATGCaa < 1:1295434/149‑1 (MQ=32) gATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTATGCAAc > 2:48218/1‑149 (MQ=32) atatCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTATGCAAcc > 1:3315753/1‑149 (MQ=32) tatCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTATGCAAccc < 1:566469/149‑1 (MQ=32) atCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTATGCAAcccc < 2:1409771/149‑1 (MQ=32) tCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTATGCAACCCCg > 2:3785371/1‑149 (MQ=32) tCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTATGCAACCCCg > 1:2122267/1‑149 (MQ=32) ccGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTATGCAACCCCGt < 2:2685357/149‑1 (MQ=32) | ACCAGGACGCTCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGAGACATAGTGAGACTCTATACGAAATTGGTGTTCATATCATAATGCATCTCAGAAAATAATTATGATTATTTTTGTGCATATTTGTATGTACACGTTCGAAAATAAACGAATGCGTATGCAACCCCGT > CP009273/1427776‑1428053 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |