| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 169,092 | T→G | 8.3% | L382V (TTG→GTG) | fhuB → | fused iron‑hydroxamate transporter subunits of ABC superfamily: membrane components |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 169,092 | 0 | T | G | 8.3% | 769.9 / 18.9 | 257 | L382V (TTG→GTG) | fhuB | fused iron‑hydroxamate transporter subunits of ABC superfamily: membrane components |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (75/155); new base G (25/2); total (100/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
GGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCAAGCCCGGAAGTGCTGGGGATTAGCTCCGGCGC > CP009273/168944‑169240 | ggATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCACGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTTGTAGTGTTTCGCACCGCGGGCCCTGGGCGAGCGGGGCGt > 1:4521890/1‑149 (MQ=255) gATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGtt < 2:1906830/149‑1 (MQ=255) gATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGtt < 2:4066299/149‑1 (MQ=255) atatGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACCGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCCTTg > 2:4453115/1‑149 (MQ=255) tGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTTATGCGCACGGCTGGAAGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTc > 2:67783/1‑149 (MQ=255) aaGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGa < 2:3699129/149‑1 (MQ=255) aaGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCACGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCGGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACCGCTGGTCGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCGCGa > 1:745831/1‑149 (MQ=255) atgTCCACGGTCGGGTCGGGGCAGTACGGCAACCTGGGGTGGGGGTTGGCCACGGGGGGGGGGGGCCGGTGTTGTTGGGCGGTGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAg < 1:2253426/147‑1 (MQ=255) 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cATGTGCTGGCGTTTTCCCAAGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTAGTTTTGTCGTGATTCCCACCGCAGGACGTGGGCGAGCCGGGCGGTGCTAGAGGAATTAATTCCCAGGCGCTTGCCGCCAAatat > 2:394060/1‑149 (MQ=255) gtgCTGGCGTTTTCCCACGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTTGTCGTGATTCGCACCGCTGGAAGGGGGCGCGCGGGGCGGTGCTCGAGGAGTTAATTCCCAGGCGCTGGCCCCGAAATATtgc > 2:2839225/1‑149 (MQ=255) ggCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTTGTCGTGAAGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGCTTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGgcgc > 1:1807881/1‑149 (MQ=255) ggCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGgcgc < 1:399429/149‑1 (MQ=255) gCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCt < 2:3386885/149‑1 (MQ=255) 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tggtggCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAg < 1:3079697/149‑1 (MQ=255) tggtggCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAg < 1:2639015/149‑1 (MQ=255) ggtggCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATTCCCGGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTGATTCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGc > 1:3219575/1‑149 (MQ=255) ggtggCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTAAGc > 1:1421884/1‑149 (MQ=255) tggCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGa < 1:1333974/149‑1 (MQ=255) 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tttGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGaaa < 1:1007134/149‑1 (MQ=255) gCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCAAGCCCGGaa < 2:1837142/149‑1 (MQ=255) tagTGGGCGTGCGGGGGGGTGGTAGTGGTATTAATGGCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATTGTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCAAGCCCGGAAGTGCt < 2:3305087/147‑1 (MQ=255) ggCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCAAGCCCGGAAGTGCTGGGGa < 1:4303627/149‑1 (MQ=255) ggCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCAAGCCCGGAAGTGCTGGGGa < 1:1119385/149‑1 (MQ=255) 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ggCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCAAGCCCGGAAGTGCTGGGGATTAGCTCcg < 2:4262037/149‑1 (MQ=255) gTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCAAGCCCGGAAGTGCTGGGGATTAGCTCcggcg > 2:2166873/1‑149 (MQ=255) | GGATATGAAGGTCAACGATCGTGTCGCGGCTGAACGCCAACATGTGCTGGCGTTTGCCCTCGCGGGCGGCGTGCTGCTGTTGATGGCTGTGGTGGTGGCGCTGTCGTTTGGTCGTGATGCGCACGGCTGGACGTGGGCGAGCGGGGCGTTGCTCGAGGATTTAATGCCCTGGCGCTGGCCGCGAATTATGGCGGCGCTGTTTGCGGGCGTCATGCTGGCGGTGGCGGGCTGTATTATTCAGCGACTGACCGGAAACCCGATGGCAAGCCCGGAAGTGCTGGGGATTAGCTCCGGCGC > CP009273/168944‑169240 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |