Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 235,022 | G→T | 27.3% | H68N (CAT→AAT) | ykfM ← | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 235,022 | 0 | G | T | 27.3% | 423.7 / 34.5 | 246 | H68N (CAT→AAT) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (113/51); new base T (17/60); total (131/115) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.58e-12 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
CCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAA > CP009273/234874‑235169 | ccTGTGACAACAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATg < 1:3893455/149‑1 (MQ=255) tgtgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGaa < 2:3769209/149‑1 (MQ=255) tgACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAATTAAAATT‑AAATGAata > 1:661410/1‑149 (MQ=255) aaaaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAATAATTATTTTATTATAGTAATTAAAAAT‑AAATGAATATTTa > 1:2685150/1‑149 (MQ=255) aaaaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATAGTAATTAAAATT‑AAAAGAATATTTa > 1:1247087/1‑149 (MQ=255) aaaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTaa < 2:558510/149‑1 (MQ=255) aaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATAGTAATTAAAATT‑AAATGAATATTTaaa > 1:1436721/1‑149 (MQ=255) aaGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTaaa < 1:2801227/149‑1 (MQ=255) ggAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTaaaaa < 2:3304623/149‑1 (MQ=255) aGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTTATAATTATTTTATTATAGTAATTAAAATT‑AAATGAATTTTTAAAAAgt > 1:2516862/1‑148 (MQ=255) aGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATAGTTAGTAAAATT‑AAATGAATATTTaaaaatt > 2:2677215/1‑147 (MQ=255) aGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAgg < 1:3506130/149‑1 (MQ=255) cTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAATAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAAAT‑ACAATAATATTTAAAAATGaa > 1:500920/1‑149 (MQ=255) aTTATAGGTGCTATTACTATAGCTTTTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAATATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGaata < 1:68375/149‑3 (MQ=255) aTTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGaaaa < 1:2975740/149‑1 (MQ=255) ttAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAAc < 2:2058837/149‑1 (MQ=255) aaaGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGGTTAATAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAAAT‑AAAATAATATTTAAAAAGGaaaaacg > 1:4444113/1‑146 (MQ=255) tggTGCTATTACGATAGCTATTATTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTTTTGTTTTGTCTGTGGCTAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCTTAATTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACa < 1:1875422/148‑1 (MQ=255) aGGTGCTATTACGATTGGTATTAGTAAAAATATAATAGTTAGCTGTATTGTTATTTCTTTTGCGAAATTGACTACATTCTTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACa < 2:4034937/149‑1 (MQ=255) aGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACa > 2:1835900/1‑149 (MQ=255) aGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACa > 2:618670/1‑149 (MQ=255) ggTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAAAT‑ACAAGAATATTTAAAAATTaaaaaaaaaa > 1:819146/1‑143 (MQ=255) aTTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAAcc > 2:2727910/1‑149 (MQ=255) cGATAGATATTATTAAAAATATATGTGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCTAATTTGACTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACTTGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAg < 2:239814/149‑1 (MQ=255) aTAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTTATAATTATTTTTTTTTATTAAGTAAAAAT‑AAATTAAAATTTAAAAATGAAAACGACAATAAAACGAAGca > 1:1524591/1‑149 (MQ=255) tatattttAGAAAAAATATTTGTGTTTTTTGTATTTTTATGTTTTTGGCTAATTTTACTTCTTTTTTTTTTTTTATTAATATTTTTTTTTTTATCTTAAGTAAAATT‑AAATTAATATTAAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGcac < 2:3462957/143‑1 (MQ=255) aGCTATTTGAAAAAATATATGTGTTCGGTTTTTTGTTTTGTCGGTGGCTAAATTGACTACATTCTTTTTTTTTATTAAGATTTATTTTATTATGTTATGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGcaca < 1:2619156/149‑1 (MQ=255) gCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAATAATGATTTTATTATAGTAAATAAAATT‑AAATGAATATTTAAAAATGAAAACCACAAGAAACCGAAGcacat > 2:3108771/1‑148 (MQ=255) gCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAAAATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGcacac > 2:3699182/1‑148 (MQ=255) ttAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAAAGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑AAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATTAAACCGAATCACAGAATc > 2:100313/1‑149 (MQ=255) tAAAAATATTTGTTTTAGCTTTTTTGTTTTTTCTGTGGTTAATTTGATTACTTTCTTTTTTTTGTTTTTGATTGTTTTTTTTTTCGTAAGTAAATTT‑ATATTAATTTTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACa < 2:528810/149‑1 (MQ=255) tAAAAATATATGTGTTAGCTTTTTTTTTATGTCTGTGGCTAATTTTAATACATTCTTTTTTTTGATTAATAATTATTTTATTATGTTAATTAAAATT‑AAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACa < 2:935089/149‑1 (MQ=255) tAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTTTGTGTGTGGCGAATTTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGATTTATTTTTTTATCGTATGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACa < 2:2822899/149‑1 (MQ=255) aaaaaTTTTTGAGTTCGCTTTTTTTTTTTGTCGGTGGCTAATTTGACTACCTTGGTTTTTTTGATTAAGATTGATTTTATTATCGTAATTAAATTT‑ACTTGAATATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACAt < 1:4045594/149‑1 (MQ=255) aaaaaTATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTGTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACCTGAAACCCCAGCACAGAATCAACaa > 1:140177/1‑148 (MQ=255) atatAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAAATATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑AAAAGAATATTTAAAAAGGAAAAACACAAGAAACCCAAGCACAGAATCAACaaaaac > 1:1723812/1‑144 (MQ=255) ataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACAATCTCCa > 2:1402027/1‑149 (MQ=255) ataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATTAAACCGAATCACAGAATCAACATTCTCCa > 2:129739/1‑149 (MQ=255) ataAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCa > 2:2997777/1‑149 (MQ=255) taAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTACaa > 2:315297/1‑149 (MQ=255) tatttAGTTGTATTTTTATGGTTGTGGCTAATTTGACTACCTTTTTTTTTTTTATTAATATTTTTTTTTTTTTCTTAATTAAATTT‑AATTTAATTTTTAAAACGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCa < 1:3133612/146‑1 (MQ=255) agTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACAATCTCCAATCAt > 2:2016064/1‑149 (MQ=255) tttATTTTTTTTTCTGTGGCGAATTTGACTACCTTTTTTTTTTTTTTTAATATTTTTTTTATTATCTTATTTAAATTT‑AATTTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAatat < 1:3516397/147‑1 (MQ=255) gTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTTTTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAAACCAAGCACAGAAAAAACAATATCCAATAAAAAAATAtt > 1:1014303/1‑149 (MQ=255) gTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATTATTTTATTATAGTAAGTAAAATT‑AAATTAATATTTAAAAATGAAAAAGAAATGAAAACGAAGCACAGAATAAAAATTCTACAATAATAAAAAAtt > 1:3714054/1‑149 (MQ=255) tATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATAttt > 2:330015/1‑149 (MQ=255) aTTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTTATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑AAATGAAAATTTAAAAAGGAAAACGAAATGAAAACGAAGCACAGAATCAACAATCTCCAAACATAAAATAttta > 1:356046/1‑148 (MQ=255) tttttttgtgtgtgGCTAATTTTACTACATTGTTTTTTTTTTTTAATAATTTTTTTTTTATCTTATTAAAATTT‑AATTTATTATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTcc < 1:1004750/143‑1 (MQ=255) ttGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATAGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATAAACAATATCCAATAATAAAAAAtttac > 1:2144034/1‑147 (MQ=255) ttATGTCTGTGGCTAATTTTACTACCTACTTTTTTTTTTTTAAGATTTTTTTTTTTATCGTAATTAAAATT‑ACATCAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTg < 2:3894943/149‑1 (MQ=255) aTGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑AAATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATAAACAATCTCCAATCATAAAATATTTACGTgta > 2:3610119/1‑147 (MQ=255) tCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCa > 2:4094246/1‑149 (MQ=255) gtgGCTAAATTGAATACATTTTTTTTTTTTTTTAATAATTATTTTATTATCTTAA‑TAAAATTAACATTAATATTAAAAAAGAAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAttt < 1:913664/149‑1 (MQ=255) gtgGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTTTAGTAAGTAAAATT‑AAAGGAATATTTAAAAAAGAAAACGACAAGAAACCCAAGCACACAATAAACAATATCCAATCAAAAAATATTTAAGTGGGGCCttt > 1:1603593/1‑149 (MQ=255) gtgGCCAAATTCACTACCTTCTTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCTTAATAAAAATA‑AAATGAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCAttt < 1:1828089/149‑1 (MQ=255) gtaCTACCTTCTTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACTTGAATATTTAAAATGGAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGaa < 1:3439298/147‑1 (MQ=255) aatACCTTCTTTTTTTTTTTTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAata < 1:2233811/147‑1 (MQ=255) aCTCCCTTCGTTTTTTTGTTTAAGAATGATTTTATTATCGTATGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAata < 2:2354320/149‑1 (MQ=255) ccTTCGTGTTTTTGATTAATAAAGATTTTAATATAGTAATTAAAAAT‑AAAAGAATATATAAAAAAGAAAACGACCAGAAAACCCAGCACAGAAAAAAAAATATCAAATCAAAAAATAATTACGTGGAGCATTTTATTATTGAAAATaga > 2:2101101/1‑149 (MQ=255) acttcttTTTTTTGATTAATATTTATTTTTTTCTTTAAATTAAATTT‑AATTTAATTTTAAAAAAGCAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATaga < 1:1930795/148‑1 (MQ=255) cTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATagag > 1:760699/1‑149 (MQ=255) tCGTTTTTTTTATTAATAATTATTTTATTATCTTAATTAAAATT‑ACATTAAAATTAAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGt < 1:3553746/149‑1 (MQ=255) tCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCTTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGt < 2:1771582/149‑1 (MQ=255) tCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGt > 1:2535758/1‑149 (MQ=255) tttttttttATTAATATTTTTTTTATTATCTTAAGTAAAATT‑ACATTAATATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGttt < 1:3328136/148‑1 (MQ=255) ttttttttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGttt < 2:156141/148‑1 (MQ=255) gTTTTTTTGTTTAATAATGTTTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGttt < 1:752897/149‑1 (MQ=255) tttttGTTTATTATTTATTTTATTATCTTAATTAATTTT‑AATTTAATTTTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAAc < 1:4525658/149‑1 (MQ=255) tttttGATTAATATTTTTTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑AAATTAATATTAAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAAc < 1:3706106/149‑1 (MQ=255) tttttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAAc > 2:1161682/1‑149 (MQ=255) tttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTc > 2:4454351/1‑149 (MQ=255) tttGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTc > 2:478269/1‑149 (MQ=255) taTTAATAATTATTTTTTTATCGTATTTAAAATT‑AAATTAATATTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCgg < 1:1779576/148‑1 (MQ=255) ttAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTa > 1:3310914/1‑149 (MQ=255) ttAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTa > 2:1366551/1‑149 (MQ=255) aGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaa > 2:1904580/1‑149 (MQ=255) aaTTATTTTATTATCTTAATTAAAATT‑AAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTaaaaaa < 1:2581863/149‑1 (MQ=255) aTGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAAc > 1:1989774/1‑149 (MQ=255) tGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACa > 1:1261297/1‑149 (MQ=255) ttttttATCTTAATAAAAATT‑AAATTAATAATAAAAAATCAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAaaga < 1:2677215/149‑1 (MQ=255) ttatCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCa > 2:2366676/1‑149 (MQ=255) ttttgtaattaaATTT‑AATTTAATTTTTAAAATGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCAt < 1:4299409/145‑1 (MQ=255) tatCTTAATTAAAATT‑ACATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCAt < 2:1247136/149‑1 (MQ=255) tatCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACTACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCAGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGTTAAAAAACAAAGAAGCAt > 1:4020605/1‑149 (MQ=255) atCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCAtt > 1:2429446/1‑149 (MQ=255) tCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTg > 1:4163188/1‑149 (MQ=255) cGTAATTAAAATT‑ACTTGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGa < 2:1723812/149‑1 (MQ=255) ttaagtaaAATT‑AAATTAATATTTAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGaa < 2:1436898/148‑1 (MQ=255) gaaattaaAATT‑ACATCAATATTAAAAAAGTAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGaa < 1:2606823/144‑1 (MQ=255) agtaaAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGc > 1:4136937/1‑149 (MQ=255) aaaaaTT‑AAATGAATATATAAAAAGGAACACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAg < 1:1608050/148‑1 (MQ=255) aaaaTT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAgg > 1:592723/1‑149 (MQ=255) aaaaTT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAgg > 1:3095328/1‑149 (MQ=255) aaaaTT‑AAATTAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAgg < 1:3185310/149‑1 (MQ=255) aaaTT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAggg > 2:3428722/1‑149 (MQ=255) aTT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGaa > 1:4118344/1‑149 (MQ=255) aCATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGaaaaa > 1:3414080/1‑149 (MQ=255) tGAATATTTAAAAATGAAAACGACATGAAACCGAAGCACATAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCTTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTATCTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAaataa > 1:3803048/1‑149 (MQ=255) tGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAaataa > 1:4520289/1‑149 (MQ=255) tGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAaataa > 1:4412134/1‑149 (MQ=255) | CCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATT‑ACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAA > CP009273/234874‑235169 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |