Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,525,232 | T→A | 12.0% | L189F (TTA→TTT) | yhgE ← | DUF4153 family putative inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,525,232 | 0 | T | A | 12.0% | 774.5 / 10.0 | 256 | L189F (TTA→TTT) | yhgE | DUF4153 family putative inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (72/136); new base A (36/2); total (118/138) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.41e-13 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
TAAACGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCAGACCTAACGTGAGATAAATAAACCAGTCGGTTGCAAAAAAGAGCGTATTGAAAAACGTGATGCCAACAAGTTTAAACAACTCACTCCACAGTAAAAGCACCAGCCACGTCAAGCCATTGGCGAGAAAAATCACCAGTAATATAAGTACGTTAT > CP009273/3525084‑3525380 | tAAACGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCAGACCt < 1:843631/149‑1 (MQ=255) aaaCGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACAGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCCGACCTa > 1:3010985/1‑149 (MQ=255) aaCGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCCCCCGCGCGGTAACCAGACCaaa > 1:2261718/1‑149 (MQ=255) 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gACCTAACGTGAGATAAATAAACCAGTCGGTTGCAAAAAAGAGCGTATTGAAAAACGTGATGCCAACAAGTTTAAACAACTCACTCCACAGTAAAAGCACCAGCCACGTCAAGCCATTGGCGAGAAAAATCACCAGTAATATAAGTACg > 1:3424218/1‑149 (MQ=255) gACCTAACGTGAGATAAATAAACCAGTCGGTTGCAAAAAAGAGCGTATTGAAAAACGTGATGCCAACAAGTTTAAACAACTCACTCCACAGTAAAAGCACCAGCCACGTCAAGCCATTGGCGAGAAAAATCACCAGTAATATAAGTACg > 2:3343064/1‑149 (MQ=255) | TAAACGGCAGGGTGATGATAAACATCAGGGTTAGCAATGATACTAACGGCAGCAACCCCGTGGCGATTAACGTGAACAACTTTTGAATAGAGTCGATTAAACGTGACTGTGTTCGCGCGAGGATCACCGCCAGCGCGGTAACCAGACCTAACGTGAGATAAATAAACCAGTCGGTTGCAAAAAAGAGCGTATTGAAAAACGTGATGCCAACAAGTTTAAACAACTCACTCCACAGTAAAAGCACCAGCCACGTCAAGCCATTGGCGAGAAAAATCACCAGTAATATAAGTACGTTAT > CP009273/3525084‑3525380 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |