| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,786,687 | C→A | 8.2% | L119F (TTG→TTT) | yibB ← | YibB family protein, function unknown |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,786,687 | 0 | C | A | 8.2% | 1059.7 / 7.2 | 320 | L119F (TTG→TTT) | yibB | YibB family protein, function unknown |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (159/121); new base A (2/38); total (161/159) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.42e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
TTTCATCAAATGGGAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAACCGTTGTTG > CP009273/3786539‑3786835 | tttCATCAAATGGGAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATAcc > 1:2638613/1‑149 (MQ=255) tcaAATGGGAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTGTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAAc > 1:2880965/1‑149 (MQ=255) caAATGGGAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACa < 1:717843/149‑1 (MQ=255) 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taaaTACCAAAACATACTCTGGTGACCATTACTCTGGTTTTTTAAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAAcc < 2:4085696/146‑1 (MQ=255) aTACCAAAACATACTCTGGTGACCATTACTCTGTTTTTTTTAATTGTCGCGGCTCAAGTATTTTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAACCgtt < 1:2898398/149‑1 (MQ=255) | TTTCATCAAATGGGAAATCCCAAATTTTCAATCCTCGAGTTACATTTGGCTTATGGCAATAGCCAAAATCTATCCACGCAACAAGAGGCGTTTTCACTAAGCCCATGTTGATAGCTTTATTTACAAAATAGGCCTTAAGGTTACATACCAAAACATACTCTGGTGACCAGTACTCTGGGTTTTTTAATTGTCGAGGCTCAAGTCTATTTGTAAACGACTCATCTTTTTGAATTTTTTCGATACGACTTCTGATATATCTAAATTTCTTTTTTATATCGATAACGATAACCGTTGTTG > CP009273/3786539‑3786835 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |