Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,575,840 | A→C | 9.1% | pseudogene (793/3567 nt) | hsdR ← | pseudogene, premature stop codon, host restriction; endonuclease R |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,575,840 | 0 | A | C | 9.1% | 631.8 / 8.3 | 229 | pseudogene (793/3567 nt) | hsdR | pseudogene, premature stop codon, host restriction; endonuclease R |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (122/79); new base C (3/25); total (125/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.47e-07 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 235 total aligned reads displayed.
AAGCCCTGATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGCGAGCC > CP009273/4575692‑4575988 | aaGCCCTGATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCGTCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTGTGGAGAATCTCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCCGGaa > 2:293200/1‑149 (MQ=255) aaGCCCTGATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGaa > 2:599942/1‑149 (MQ=255) gCCCTGATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGc < 1:3269718/149‑1 (MQ=255) ccTGATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGa < 1:4205711/149‑1 (MQ=255) cTGATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGAc > 1:1728045/1‑149 (MQ=255) tGATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGAct > 1:2430745/1‑149 (MQ=255) gATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGActc > 2:1754166/1‑149 (MQ=255) gATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGActc > 2:4058130/1‑149 (MQ=255) aCCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGACATTCGGCAATGGCTATATAGACGCCGGGTACCGGACGAGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGCGTTTTGCTGTCTGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTAGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCtctt > 2:361288/1‑149 (MQ=255) ccGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCtcttct > 2:529618/1‑149 (MQ=255) ttttCATATTTTCCGGTCGGCCATTCGGAAATGGTTTTATTGACGCCGGTTTCCGGACGTGCGCATTTGGAGAAGCGCTGGTTTTTGCTGTCGGCCTGCAAGCCTGATTTACGATTTTGCGAATCAATCAGGAAGCGACTCTCttcttc < 2:997630/148‑1 (MQ=255) gTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCttcttc > 1:3318154/1‑149 (MQ=255) gTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCttcttc > 2:2730720/1‑149 (MQ=255) tCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCt > 1:2346365/1‑149 (MQ=255) aTCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTaa > 1:530463/1‑149 (MQ=255) aTCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTaa > 1:530634/1‑149 (MQ=255) tCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAg > 1:2133769/1‑149 (MQ=255) tCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAg > 2:3800403/1‑149 (MQ=255) 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cATTCGGCATTGGTTTTATGGACGCGGGGTGCCGGACGTGCGCCTTTGGAGACGCGCTGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTCCGCTGTTGCGAATCAATCCGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCtt < 2:3896399/149‑1 (MQ=255) cATTCGGCATGGGATTTTTTGACGCCGGGTGCGGGCCGTGCGCGTTTGGAGACGCGCTGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTCCGCTGTTGCGCATCAATCCGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCtt < 2:1395214/149‑1 (MQ=255) cATTCGGCAATGGATTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGATAAGCGCAGGGTTTTGCTTTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCtt < 2:2260308/149‑1 (MQ=255) aTTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTg > 2:2491978/1‑149 (MQ=255) ttCGGCAATGGCTTTATTGCCGCCGGGTTCGGGAGGTGCGCCTTTGGAGACGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCTGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGa < 2:2779715/149‑1 (MQ=255) ttCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGa > 1:1210677/1‑149 (MQ=255) ttCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGGTGAGTGTGCGCTTGa > 2:3033217/1‑149 (MQ=255) gcggaattGGATTTTTTGCCGCGGGGTTCCGGCCGTGCGCCTTGGTTGACGCGCCGGTTTTTGCTGTCGGCCGGCCCGCCTGCTTTACGCTGTTGCGAAACAATCAGCAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGAt < 1:1069511/142‑1 (MQ=255) gCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGc > 1:4111396/1‑149 (MQ=255) gCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGc > 2:1164933/1‑149 (MQ=255) 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cccgCCTGATTTACGCTGTGGCCCATAAATCCGCACGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTtcttct < 1:912876/146‑1 (MQ=255) aGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCg > 1:2708466/1‑149 (MQ=255) aGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCg > 2:2333867/1‑149 (MQ=255) gCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCgg > 2:3316566/1‑149 (MQ=255) gCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAg > 1:2837083/1‑149 (MQ=255) 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gCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCt > 2:2353687/1‑149 (MQ=255) gTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCGAAGGGTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTCATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTcc > 2:1888696/1‑149 (MQ=255) atcaatcaGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCg > 1:3494908/1‑149 (MQ=255) atcaatcaGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCg > 1:3496026/1‑149 (MQ=255) tcaatcaGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGc > 1:1906874/1‑149 (MQ=255) 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ggAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGCGa > 1:818168/1‑149 (MQ=255) aGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGCGAGcc < 1:4466298/149‑1 (MQ=255) | AAGCCCTGATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCGGCAATGGCTTTATTGACGCCGGGTTCCGGACGTGCGCCTTTGGAGAAGCGCAGGGTTTTGCTGTCGGCCTGCCAGCCTGCTTTACGCAGTTGCGCATCAATCAGGAAGCGACTCTCTTCTTCGCTAAGGTTGAGTGTGCGCTTGATGGCCTGATCGGTAATTTCTTTGTGGTAAGCCTTACGTTCCTGTTCGGTCTGTTTTGCCAGTTCCGCGTTCTTCTCGGCGAGCTGTGCTTCCAGTGCCGCAAGGCGAGCC > CP009273/4575692‑4575988 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |