Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 542,200 | Δ1 bp | 91.4% | coding (65/1668 nt) | fdrA → | putative NAD(P)‑binding acyl‑CoA synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 542,200 | 0 | G | . | 91.4% | 1215.2 / 112.3 | 267 | coding (65/1668 nt) | fdrA | putative NAD(P)‑binding acyl‑CoA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/11); new base . (118/126); total (130/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.28e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 |
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
TTTACTCGTTGTCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCACGAAAACTCAGCGAATCAGAAAATGTTGATGATGTTTCCGTAATGATGGGTACGCCCGCCAATAAAGCGTTATTAGATACCACAGGTTTCTGGCATGACGATTTTAATAACGCCACGCCGAACGATATTTGCGTGGCAATTCGTAG > CP009273/542053‑542344 | tttACTCGTTGTCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCACaaa > 1:4780301/1‑150 (MQ=255) ttACTCGTTGTCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCACGaaa < 1:4949093/150‑1 (MQ=255) aCTCGTTGTCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACt < 2:3394524/150‑1 (MQ=255) tCGTTGTCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCACGAAAACTc > 1:2243483/1‑150 (MQ=255) gTTGTCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGc < 2:1387894/150‑1 (MQ=255) gTTGTCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGc > 1:4523947/1‑150 (MQ=255) tGTCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGa > 2:2676423/1‑150 (MQ=255) gTCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCACGAAAACTCAGCGa < 2:1009016/150‑1 (MQ=255) tCATCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAAt < 2:3591851/150‑1 (MQ=255) tCGATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAg < 2:3154185/150‑1 (MQ=255) gATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCACGAAAACTCAGCGAATCAGa > 2:1676567/1‑150 (MQ=255) gATACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAGaa < 2:970622/150‑1 (MQ=255) aTACCGTAATCGCCACATTAACACTGCTCGTGCAATTGCCATGGGTGCAATTTTTAAGGAGTTGTTATGATCCACGCCTTTATTAAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAGaaa < 2:1413744/150‑1 (MQ=255) 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attaAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAGAAAATGTTGATGATGTTTCCGTAATGATGGGTACGCCCGCCAATAAAGCGTTATTAGATACCACAGGTTTCTGGCATGACGAtt > 2:3071579/1‑150 (MQ=255) taAAAAAGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAGAAAATGTTGATGATGTTTCCGTAATGATGGGTACGCCCGCCAATAAAGCGTTATTAGATACCACAGGTTTCTGGCATGACGAtttt < 1:2526749/150‑1 (MQ=255) aaaaaaGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAGAAAATGTTGATGATGTTTCCGTAATGATGGGTACGCCCGCCAATAAAGCGTTATTAGATACCACAGGTTTCTGGCATGACGATTTta > 2:4705570/1‑150 (MQ=255) aaaaaaGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAGAAAATGTTGATGATGTTTCCGTAATGATGGGTACGCCCGCCAATAAAGCGTTATTAGATACCACAGGTTTCTGGCATGACGATTTta > 1:4752113/1‑150 (MQ=255) aaaaaaGGGTGTTTTCAGGATTCGGTCAGTTTAATGATTATTTCAC‑AAAACTCAGCGAATCAGAAAATGTTGATGATGTTTCCGTAATGATGGGTACGCCCGCCAATAAAGCGTTATTAGATACCACAGGTTTCTGGCATGACGATTTta < 1:1443003/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |