New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 3904961 = | 343 (1.140) | 3 (0.010) | 3/276 | NT | 0.87% | intergenic (‑76/+238) | pstS/glmS | periplasmic phosphate binding protein, high‑affinity/L‑glutamine:D‑fructose‑6‑phosphate aminotransferase |
? | CP009273 | = 4489327 | NA (NA) | intergenic (+10/+83) | insD1/yjgX | IS2 transposase TnpB/pseudogene fragment | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 361 total aligned reads displayed.
GCAAACACAGAGAAAGCACTCATCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTAAATAAGCGTTGATATTCAGTCAATTACAAACATTAATAACGAAGAGATGACAGAAAAATTTTCATTCTGTGACAGAGAAAAAGTAGCCGAAG > CP009273/3904812‑3905109 | gCAAACACAGAGAAAGCACTCATAGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCTACGGTGGTACGCATAACTATCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTta > 2:2947795/1‑150 (MQ=255) aaCACAGAGAAAGCACTCATCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTatat > 1:4589029/1‑150 (MQ=255) agagAAAGCACTCATCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAg < 1:97344/150‑1 (MQ=255) gagaAAGCACTCATCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGACGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAgg > 2:3431298/1‑150 (MQ=255) gagaAAGCACTCATCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAgg < 2:2333977/150‑1 (MQ=255) agaAAGCACTCATCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGa > 1:714019/1‑150 (MQ=255) agaAAGCACTCATCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGa < 1:2726733/150‑1 (MQ=255) aCTCATCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGAc < 2:4549646/150‑1 (MQ=255) cTCATCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACa > 1:3627297/1‑150 (MQ=255) cATCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGt > 1:1994389/1‑150 (MQ=255) aTCGATAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGtt > 1:4419715/1‑150 (MQ=255) aTAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTAt < 2:1604994/150‑1 (MQ=255) tAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATg < 1:2862359/150‑1 (MQ=255) tAAGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATg < 1:4168463/150‑1 (MQ=255) aaGGTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGa > 2:4292383/1‑150 (MQ=255) ggTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACa < 2:1103227/150‑1 (MQ=255) ggTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACa < 1:2988666/150‑1 (MQ=255) gTCGCGGCGACAACAGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACag > 1:2806649/1‑150 (MQ=255) 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acaacaGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATaaa > 1:4915247/1‑150 (MQ=255) acaacaGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATaaa < 2:2998691/150‑1 (MQ=255) aGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCtt < 1:4870500/150‑1 (MQ=255) aGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCtt < 2:5051061/150‑1 (MQ=255) aGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCtt > 1:1833135/1‑150 (MQ=255) aGTTGCGACGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCtt > 2:4158700/1‑150 (MQ=255) agACGTTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACATGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTc > 2:4454083/2‑150 (MQ=255) aCGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTg < 2:2257875/150‑1 (MQ=255) cGGTGGTACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGa < 2:2559882/150‑1 (MQ=255) gtggtACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGAtt < 1:3347910/150‑1 (MQ=255) gtACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTaa < 2:51689/150‑1 (MQ=255) tACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTaaa > 1:2377684/1‑150 (MQ=255) tACGCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTaaa < 2:4342798/150‑1 (MQ=255) gCATAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTAAATaa < 1:4470507/150‑1 (MQ=255) tAACTTTCATAATGTCTCCTGGGAGGATTCATAAAGCATTGTTTGTTGGCTACGAGAAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTAAATAAGCg > 1:1395325/1‑150 (MQ=255) 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gagaAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTAAATAAGCGTTGATATTCAGTCAATTACAAACATTAATAACGAAGAGATGACAGAAAAAtta > 1:2933805/1‑149 (MQ=255) gaAGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTAAATAAGCGTTGATATTCAGTCAATTACAAACATTAATAACGAAGAGATGACAGAAAAATTTTc < 2:4687190/150‑1 (MQ=255) aaGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTAAATAAGCGTTGATATTCAGTCAATTACAAACATTAATAACGAAGAGATGACAGAAAAATTTTCa > 2:4379792/1‑150 (MQ=255) aGCAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTAAATAAGCGTTGATATTCAGTCAATTACAAACATTAATAACGAAGAGATGACAGAAAAATTTTCAt > 2:2869595/1‑150 (MQ=255) cAAAATAGGACAAACAGGTGACAGTTATATGTAAGGAATATGACAGTTTTATGACAGAGAGATAAAGTCTTCAGTCTGATTTAAATAAGCGTTGATATTCAGTCAATTACAAACATTAATAACGAAGAGATGACAGAAAAATTTTCATTc < 1:2583459/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |