| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3180784 | NA (NA) | 17 (0.060) | 14/276 | NT | 5.4% | pseudogene (5/2445 nt) | yqiG | pseudogene; fimbrial export usher family;putative membrane; Not classified; putative membrane protein |
| ? | CP009273 | = 3357635 | 298 (0.990) | coding (1470/2382 nt) | yhcD | putative outer membrane fimbrial subunit usher protein | |||||
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
TCTGAAGCGATTGATGATGATTATACCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCAGAAAATAATGAAGACGATGGTGATCTGTTCTACGTCAACATCAGTATTCCATTTGGCAGATCAAACACCGCCACACTGT > CP009273/3357486‑3357783 | tCTGAAGCGATTGATGATGATTATACCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAAT > 1:2128239‑M2/1‑150 (MQ=255) cTGAAGCGATTGATGATGATTATACCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAata < 1:3896596/150‑1 (MQ=255) aaGCGATTGATGATGATTATACCGATCCTACTAAAAGCACTAATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTTGGTGTTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTa > 1:767795/1‑150 (MQ=255) gCGATTGATGATGATTATACCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAAc < 1:3972829/150‑1 (MQ=255) ttGATGATGATTATACCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGa < 2:1398801/150‑1 (MQ=255) tgatgatgaTTATACCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGaa > 2:4798265/1‑150 (MQ=255) gatgatgatTATACCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAAc < 2:781495/150‑1 (MQ=255) atgatgatTATACCGAACCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATggatttgccccta > 2:3253552‑M2/1‑137 (MQ=255) atgatTATACCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGATTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAg < 2:687534/150‑1 (MQ=255) tgatTATACCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGc > 2:4580189/1‑150 (MQ=255) tgatTATACCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGc > 2:2025688/1‑150 (MQ=255) gatTATACCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCg < 1:1886502/150‑1 (MQ=255) atTATACCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCCCCCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGt > 1:555667/1‑150 (MQ=255) atTATACCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGt < 1:4157779/150‑1 (MQ=255) ttATACCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGtt < 2:4106458/150‑1 (MQ=255) ataCCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCa > 1:5083957/1‑150 (MQ=255) ccGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATggatttgcccctatatttccagaca < 2:3667537‑M2/150‑26 (MQ=255) cGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAaca > 1:588705/1‑150 (MQ=255) 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aCTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTc < 2:233828/150‑1 (MQ=255) aCTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTc > 1:4526954/1‑150 (MQ=255) cTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCa < 2:1367752/150‑1 (MQ=255) ttATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCaa < 2:2477472/150‑1 (MQ=255) gcgcTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTgg < 1:149641/150‑1 (MQ=255) 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aaCTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCa > 1:3173900/1‑150 (MQ=255) cTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCAGa < 1:314794/150‑1 (MQ=255) ccATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCAGaaa > 2:2819246/1‑150 (MQ=255) tCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCAGAAaataa < 1:1411611/150‑1 (MQ=255) tCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCAGAAaataa < 2:4769800/150‑1 (MQ=255) 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tataGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCAGAAAATAATGAAGACGATGGTGATCTGTTCTACGTCAACATc > 2:1687472/1‑150 (MQ=255) ataGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCAGAAAATAATGAAGACGATGGTGATCTGTTCTACGTCAACATCa < 2:4979175/150‑1 (MQ=255) taGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCAGAAAATAATGAAGACGATGGTGATCTGTTCTACGTCAACATCAg > 2:1244337/1‑150 (MQ=255) ggttgtctggagattcagggggccagtctaCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCAGAAAATAATGAAGACGATGGTGATCTGTTCTACGTCAACATCAGt < 1:300132‑M2/120‑1 (MQ=255) tACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCAGAAAATAATGAAGACGATGGTGATCTGTTCTACGTCAACATCAGTAtt > 2:71884/1‑150 (MQ=255) 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cTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCAGAAAATAATGAAGACGATGGTGATCTGTTCTACGTCAACATCAGTATTCCATTTGGCAGATCAAACACCGCcaca > 1:4870416/1‑150 (MQ=255) ttAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCAGAAAATAATGAAGACGATGGTGATCTGTTCTACGTCAACATCAGTATTCCATTTGGCAGATCAAACACCGCCacac > 1:1122877/1‑150 (MQ=255) | TCTGAAGCGATTGATGATGATTATACCGATCCGACTAAAAGCACTTATGCGCTTGGTTTAAACTGGTCTAACTCCATTCTGGGTGGTTTCAACATCAGTGGCTATAAAACATATAGTTACGACGGTGACAATGACTCAAGCAACCTTAATATTAACTGGAACAAAGCGTTCAAACACGCCACGGTTTCCGTCAACTGGCAGCATCAACTTAGTGCTTCAGAAAATAATGAAGACGATGGTGATCTGTTCTACGTCAACATCAGTATTCCATTTGGCAGATCAAACACCGCCACACTGT > CP009273/3357486‑3357783 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |