Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 3,830,197 | C→A | 93.4% | intergenic (+281/‑116) | yicT → / → setC | pseudogene/putative arabinose efflux transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 3,830,197 | 0 | C | A | 93.4% | 925.4 / 47.0 | 293 | intergenic (+281/‑116) | yicT/setC | pseudogene/putative arabinose efflux transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (12/8); new base A (132/141); total (144/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.60e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
TTCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGCGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAAGAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAA > CP009273/3830055‑3830343 | tCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCAt > 1:3270886/1‑150 (MQ=255) tCATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCAt > 1:2390668/1‑150 (MQ=255) cATTTAATATATCAAATCAACTTGTTTTATTTTTACTATCAAAAATAGCTCATTGCCTTACTATAATTAATATATAAATTCGGTAATTAATTCTTAACATGCTTTTACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCAtt < 1:3024608/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |