| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 3,838,672 | T→A | 9.4% | L450Q (CTG→CAG) | ade → | cryptic adenine deaminase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,838,672 | 0 | T | A | 9.4% | 1006.5 / 69.1 | 304 | L450Q (CTG→CAG) | ade | cryptic adenine deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (148/127); new base A (16/13); total (164/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
GCAATTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAGCGTCTACAGCGAAAATGGTTTTGATCGCGATGATGTGAGCTTTATTGCCGTACTTGAGCGTTACGGGCAACGGCTGGCTCCGGCTTGTGGTTTGCTTGGCGGCTTTGGACTGAATGAAGGTGCGCTGGCTGCGACGGTCAGCCATGACAGCCATAATATTGTGGTGATCGGTCGCAGTGCCGAAGAGATGGCGCTGGCGGTCAATCAGGTGATTCAGGATGGCG > CP009273/3838523‑3838821 | aTTTACGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAGCGTCTACAGCGAAAATGGTTTTGATCGCGATGATGTGAGCTTTATTGCCGTACTTGAGCGTTACGGGCAACggctggc < 1:1083636/150‑1 (MQ=255) cGCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAGCGTCTACAGCGAAAATGGTTTTGATCGCGATGATGTGAGCTTTATTGCCGTACTTGAGCGTTACGGGCAACGGCTGGCTCCgg > 1:1317394/1‑150 (MQ=255) gCCCGGAAAACGCTATCGGGTCATTGACGTCATCCATAACGAATTGATTACGCACTCCCACTCCAGCGTCTACAGCGAAAATGGTTTTGATCGCGATGATGTGAGCTTTATTGCCGTACCTGAGCGTTACGGGCAACGGCTGGCTCCGGc > 2:2665262/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |