| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,875,627 | C→A | 5.4% | G19C (GGT→TGT) | dnaN ← | DNA polymerase III, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,875,627 | 0 | C | A | 5.4% | 1408.2 / 32.9 | 350 | G19C (GGT→TGT) | dnaN | DNA polymerase III, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (146/185); new base A (6/13); total (152/198) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 364 total aligned reads displayed.
CGTCGCTCCTGGCTCGTGTGGCTGAACCAGCGCAACACGTGCCACCATTTCCATCTCGAGATCAGTACCGGTCAGCGACAACGTACCGTCAGCAACCTGTAACAGCAGATTACCGAGAATCGGTAGCGTAGGACGACCACCTAACGGACCGCTCACCTGTTGTAGCGGTTTTAATAAATGCTCACGTTCTACGGTAAATTTCATAGGTTTACGATGACAATGTTCTGATTAAATTTGAAAAATCTTCTTTGATATCGTGGCTCTCTTCACGCAACTGCTCGATCTTACGGCAGGCATGA > CP009273/3875478‑3875776 | cgtcgCTCCTGGCTCGTGTGGCTGAACCAGCGCAACACGTGCCACCATTTCCATCTCGAGATCAGTACCGGTCAGCGACAACGTACCGTCAGCAACCTGTAACAGCAGATTACCGAGAATCGGTAGCGTAGGACGACCACCTAACGGAcc > 1:4125803/1‑150 (MQ=255)cgtcgCTCCTGGCTCGTGTGGCTGAACCAGCGCAACACGTGCCACCATTTCCATCTCGAGATCAGTACCGGTCAGCGACAACGTACCGTCAGCAACCTGTAACAGCAGATTACCGAGAATCGGTAGCGTAGGACGACCACCTAACGGAcc < 1:3143122/150‑1 (MQ=255) cgCTCCTGGCTCGTGTGGCTGAACCAGCGCAACACGTGCCACCATTTCCATCTCGAGATCAGTACCGGTCAGCGACAACGTACCGTCAGCAACCTGTAACAGCAGATTACCGAGAATCGGTAGCGTAGGACGACCACCTAACGGACCGCt > 2:3427516/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |