| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,944,000 | T→A | 9.6% | pseudogene (81/984 nt) | ilvG → | pseudogene, acetolactate synthase 2 large subunit, valine‑insensitive; acetolactate synthase II, large subunit, cryptic, interrupted |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,944,000 | 0 | T | A | 9.6% | 994.8 / 75.1 | 302 | pseudogene (81/984 nt) | ilvG | pseudogene, acetolactate synthase 2 large subunit, valine‑insensitive; acetolactate synthase II, large subunit, cryptic, interrupted |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (159/114); new base A (19/10); total (178/124) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
AACCGAGGAGCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCTGGTCCGGGCGCAACC > CP009273/3943851‑3944147 | aaCCGAGGAGCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCTTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAAtt > 1:3682115/1‑150 (MQ=255)aaCCGAGGAGCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGAGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAAtt > 2:4691800/1‑150 (MQ=255) aCCGAGGATCAGACAATGAATTACAGCACAAAATTCTGTTTCTAAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTa < 1:2564616/150‑1 (MQ=255) aCCGAGGAGCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTa > 2:4650954/1‑150 (MQ=255) cGAGGAGCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATg > 1:2864094/1‑150 (MQ=255) gaggagCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCACTTATGc > 2:3377505/1‑150 (MQ=255) gaggagCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGc < 1:2942130/150‑1 (MQ=255) gaggagCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGc < 1:217729/150‑1 (MQ=255) ggagCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCg > 1:3374054/1‑150 (MQ=255) ggagCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCg < 1:4218343/150‑1 (MQ=255) gagCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCgg > 2:4094641/1‑150 (MQ=255) gagCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCgg > 2:5063149/1‑150 (MQ=255) aGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATAATGCCGGTTTa < 1:1360843/150‑1 (MQ=255) gACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATAATGCCGGTTTAc > 2:2632013/1‑150 (MQ=255) cAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGa > 2:3805195/1‑150 (MQ=255) aaTGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGAt > 2:4414110/1‑150 (MQ=255) aaTAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCAt > 2:711361/1‑150 (MQ=255) aaTAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCAt > 2:5943/1‑150 (MQ=255) aTAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCAtt > 2:1112022/1‑150 (MQ=255) tAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTAAGGACGGGTAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCTTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTAGGTTATCAGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACTATGCATTg > 1:2767434/1‑150 (MQ=255) cAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTAt < 2:2536401/150‑1 (MQ=255) cacaAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGAc < 2:1397933/150‑1 (MQ=255) acaAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGAcg < 1:2373666/150‑1 (MQ=255) acaAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGAcg < 1:3225651/150‑1 (MQ=255) acaAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGAcg < 1:3740665/150‑1 (MQ=255) aaaaTTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGAcggc > 2:2911736/1‑150 (MQ=255) aaaaTTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGAcggc > 2:3076416/1‑150 (MQ=255) aaTTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGAcggcgg > 1:4436927/1‑150 (MQ=255) aTTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACggcggc > 2:2778494/1‑150 (MQ=255) aTTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACggcggc > 2:4147026/1‑150 (MQ=255) ttCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGgcggcg > 2:5134095/1‑150 (MQ=255) tCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACTGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGTGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGTCGGCGt < 2:1657579/150‑1 (MQ=255) ttCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGc > 1:4607125/1‑150 (MQ=255) tctcAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCa > 2:4532981/1‑150 (MQ=255) tctcAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCa > 1:805755/1‑150 (MQ=255) tcAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGTATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACt < 2:1669710/150‑1 (MQ=255) tcAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACt < 2:3161062/150‑1 (MQ=255) aGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGAGGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGc > 2:866967/1‑150 (MQ=255) gATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCt > 1:66058/1‑150 (MQ=255) gATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCt > 2:3317258/1‑150 (MQ=255) cAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGc < 2:2372760/150‑1 (MQ=255) aGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGcc < 1:767599/150‑1 (MQ=255) aGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGcc < 1:1555837/150‑1 (MQ=255) gACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGa > 2:2454993/1‑150 (MQ=255) ccGGGGCACTAACTAAGCATGGCGCACAGTGGGAGGTACAAGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGATTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATAATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGAc < 1:2110395/149‑1 (MQ=255) aCGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGAc > 1:1837078/1‑150 (MQ=255) cGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACa < 1:4757665/150‑1 (MQ=255) ggggAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACAt > 2:4001642/1‑150 (MQ=255) ggAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGa > 2:4865839/1‑150 (MQ=255) ggAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGa < 1:4289170/150‑1 (MQ=255) aactaactATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGc < 1:1270280/150‑1 (MQ=255) taactaTGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAgg > 1:2715676/1‑150 (MQ=255) aactaTGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAggg > 1:1524541/1‑150 (MQ=255) actaTGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGt < 2:4351181/150‑1 (MQ=255) actaTGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGt > 1:2286034/1‑150 (MQ=255) taTGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGc < 1:1033835/150‑1 (MQ=255) aTGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCg > 1:3020224/1‑150 (MQ=255) tGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCgg > 2:22784/1‑150 (MQ=255) aTGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCaa > 1:194435/1‑150 (MQ=255) gcgcACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATgg < 1:1312559/150‑1 (MQ=255) cacaGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATggcgg < 1:2004008/150‑1 (MQ=255) cacaGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCAGTGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGAAGCATTGTATGACGTCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGTGTGCGGCAATgtcgg > 1:4901671/1‑150 (MQ=255) caGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCt > 1:2462276/1‑150 (MQ=255) aGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTa < 1:149180/150‑1 (MQ=255) aGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATAATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTa > 2:53678/1‑150 (MQ=255) tgggtggTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATc > 2:752096/1‑150 (MQ=255) gtACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTAt > 2:4427497/1‑150 (MQ=255) gtACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTAt < 2:433962/150‑1 (MQ=255) gtACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATAATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTAt > 1:4098756/1‑150 (MQ=255) aCATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGc < 1:3388143/150‑1 (MQ=255) cATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCt < 2:1790285/150‑1 (MQ=255) cATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCt > 2:4252423/1‑150 (MQ=255) aTGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTc > 1:2304897/1‑150 (MQ=255) aTGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTc > 2:2642320/1‑150 (MQ=255) cGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCACTGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTg > 2:5011605/1‑150 (MQ=255) cGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTAcc < 1:902286/150‑1 (MQ=255) ggCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCgg > 1:3825723/1‑150 (MQ=255) aGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCaaaa > 2:2027109/1‑150 (MQ=255) tgtgAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTgg > 2:1630719/1‑150 (MQ=255) gAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCgt > 2:643390/1‑150 (MQ=255) gAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCgt > 2:1141124/1‑150 (MQ=255) aaCACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCgta < 2:2064846/150‑1 (MQ=255) acCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCgtatgt > 1:5069707/1‑150 (MQ=255) acCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCgtatgt < 2:5056797/150‑1 (MQ=255) cGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCgtatgtat > 1:2825030/1‑150 (MQ=255) gTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATc > 2:907885/1‑150 (MQ=255) gTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATc > 1:1228207/1‑150 (MQ=255) tttCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGc > 2:3876590/1‑150 (MQ=255) cGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCAc < 1:4434647/150‑1 (MQ=255) tATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCt < 1:990026/150‑1 (MQ=255) tATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCt > 1:3521969/1‑150 (MQ=255) tCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCTgg < 2:3441359/150‑1 (MQ=255) gcgcACTTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCTGGTCCGGgcg < 2:4927084/150‑1 (MQ=255) cgcAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCTGGTCCGGgcgc > 2:757081/1‑150 (MQ=255) gcAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCTGGTCCGGGCGca > 2:3678068/1‑150 (MQ=255) gcAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCTGGTCCGGGCGca > 1:1783008/1‑150 (MQ=255) cAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCTGGTCCGGGCGcac > 2:3526483/1‑149 (MQ=255) cAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCTGGTCCGGGCGcaa > 1:1624181/1‑150 (MQ=255) aaTTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCTGGTCCGGGCGcaac > 2:1477275/1‑150 (MQ=255) aTTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCTGGTCCGGGCGcaacc > 2:1251545/1‑150 (MQ=255) | AACCGAGGAGCAGACAATGAATAACAGCACAAAATTCTGTTTCTCAAGATTCAGGACGGGGAACTAACTATGAATGGCGCACAGTGGGTGGTACATGCGTTGCGGGCACAGGGTGTGAACACCGTTTTCGGTTATCCGGGTGGCGCAATTATGCCGGTTTACGATGCATTGTATGACGGCGGCGTGGAGCACTTGCTATGCCGACATGAGCAGGGTGCGGCAATGGCGGCTATCGGTTATGCTCGTGCTACCGGCAAAACTGGCGTATGTATCGCCACGTCTGGTCCGGGCGCAACC > CP009273/3943851‑3944147 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |