| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 380,236 | C→A | 11.2% | intergenic (‑164/‑452) | yaiS ← / → tauA | putative PIG‑L family deacetylase/taurine transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 380,236 | 0 | C | A | 11.2% | 989.1 / 70.8 | 290 | intergenic (‑164/‑452) | yaiS/tauA | putative PIG‑L family deacetylase/taurine transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (126/131); new base A (13/20); total (139/151) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 293 total aligned reads displayed.
TTTTATTTATTATACTACAAGCACAACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAATTCATATGTTAAGTGTTTGTATGTTTGGTATGTATAGTTATTTTGTTTTATACATTGTATTTAGATGTGATTTAGTTTGTCAATTAATTGCATTTAAAAAATATGTTCTGTGAACAAGCATTGTTTATATACATTATGTGAATGTAA > CP009273/380087‑380385 | ttttATTTATTATACTACCAGCACAACGATGCACTCAGAGAAGTAATCTCTGTCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTAAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGc < 1:3879817/150‑1 (MQ=255) tttatttaTTATACTACAAGCACAACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCa > 2:1498693/1‑150 (MQ=255) atttattATACTACAAGCACAACGATGCACTCAGAGACGTAATCTCTGGCGCAGCCAGATGTTAATTTATAAATGTTAAATGTTGCTAATAACTGAAAAGCAAGGGCTTTCAGACCCGTGGGTTCGACTGGGTAATGTTTCTATGCAAtt < 1:1836578/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |