| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 3,998,903 | C→A | 12.8% | L228I (CTC→ATC) | pldA → | outer membrane phospholipase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,998,903 | 0 | C | A | 12.8% | 1157.9 / 100.7 | 341 | L228I (CTC→ATC) | pldA | outer membrane phospholipase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (149/148); new base A (23/21); total (172/169) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 345 total aligned reads displayed.
TATACTCGCCTGATGGCAGAAAACGGTAACTGGCTGGTAGAAGTGAAGCCGTGGTATGTGGTGGGTAATACTGACGATAACCCGGATATCACCAAATATATGGGTTACTACCAGCTTAAAATCGGCTATCACCTCGGTGATGCGGTGCTCAGTGCGAAAGGACAGTACAACTGGAACACCGGCTACGGCGGCGCGGAGTTAGGCTTAAGTTACCCGATCACCAAACATGTGCGCCTTTATACTCAGGTTTACAGCGGCTATGGCGAATCGCTCATCGACTATAACTTCAACCAGACC > CP009273/3998756‑3999052 | gagccTCGCCTGATGGCAGAAAACGGTAACTGGCTGGTAGACGTGAAGCCGTGGTATGTGGTGGGGACTACTGACGATAACCCGGATATCACCAAATATCGGGGTTACTACCAGCTTAAAATCGGCTATCACCTCGGTGATGCGGTGCTc < 2:3887078/146‑1 (MQ=255) tCGCCTGATGGCAGAAAACGGTAACTGGCTGGTAGAAGTGAAGCCGTGGTATGTGGTGGGTAATACTGACGATAACCCGGATATCACCAAATATATGGGTTACTACCAGCTTAAAATCGGCTATCACCTCGGTGATGCGGTGATCAGTGc > 1:3792080/1‑150 (MQ=255) tCGCCTGATGGCAGAAAACGGTAACTGGCGGGTAGAAGTGAAGCCGTGGTATGTGGTGGGTAATACTGACGAGAACCCGGATATCACCAAATATATGGGTTACTACCAGCTTAAAATCGGCTATCACCTCGGTGATGCGGTGCTCAGTGc < 2:2955388/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |