| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,122,248 | A→T | 44.5% | intergenic (+53/‑296) | metL → / → metF | Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase 2/5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,122,248 | 0 | A | T | 44.5% | 170.3 / inf | 353 | intergenic (+53/‑296) | metL/metF | Bifunctional aspartokinase/homoserine dehydrogenase 2/5,10‑methylenetetrahydrofolate reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (87/109); new base T (54/103); total (141/212) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.34e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 366 total aligned reads displayed.
CGATAACCCTCTGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGTTTGCTTTGCATACCGGATTTTCTTTTTCTTACCATCCTGAAGTTTT > CP009273/4122099‑4122397 | gATAACCCTCTGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTaa > 2:2824306/1‑150 (MQ=255) tAACCCTCTGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATg < 2:2398976/150‑1 (MQ=255) aaCCCTCTGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTTATGa < 1:1288519/150‑1 (MQ=255) 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tAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGTTTGCTTTGCATACCGGATTTTCTTTTTCTTACCATCCTGAAGttt > 1:4540365/1‑150 (MQ=255) aaTGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGTTTGCTTTGCATACCGGATTTTCTTTTTCTTACCATCCTGAAGtttt < 2:70678/150‑1 (MQ=255) | CGATAACCCTCTGGTGATCCGCGGACCTGGCGCTGGGCGCGACGTCACCGCCGGGGCGATTCAGTCGGATATCAACCGGCTGGCACAGTTGTTGTAATTTCAGAAATTTAATAATGCCCGGTACTCATGTTTTCGGGTTTATGGTTTCTAATGAAATATATTGAATTATCATAGGATTAGGCCGGATTAAGCGTTTACGACGAATCCGGCAAGAAGCAATAAGTACATGGTTAGTTTATATTTGCAGTCCGGTTTGCTTTGCATACCGGATTTTCTTTTTCTTACCATCCTGAAGTTTT > CP009273/4122099‑4122397 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |