| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 42,150 | G→A | 48.0% | intergenic (‑219/‑253) | caiT ← / → fixA | putative transporter/anaerobic carnitine reduction putative electron transfer flavoprotein subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 42,150 | 0 | G | A | 48.0% | 43.0 / inf | 294 | intergenic (‑219/‑253) | caiT/fixA | putative transporter/anaerobic carnitine reduction putative electron transfer flavoprotein subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (74/78); new base A (65/76); total (140/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
ATATAATTATTATTAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATGCTCTGTTGTGAGTAAAAAATAACATCTGACTTTCAATATTGGTGATCCATAAAACAATATTGAAAATTTCTTTTTGCTACGCCGTGTTTTCAATATTGGTGAGGAACTTAACAATATTGAAAGTTGGATTTATCTGCGTGTGACATTTT > CP009273/42001‑42299 | aaTTATTATTAACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATACTGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTAGGTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTAAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATActct > 2:1910205/1‑150 (MQ=255) ttattattaACCTCGTGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACATTTTTGTTTCGGGTGAATAGAGGGCGTTTTTTCGTTAATTTTGATTAATAATCAGTTTGTTATACTCtgt < 1:3980059/150‑1 (MQ=255) ttattaACCTCGGGGACGCGTTAATGGCTAACTCATAATGGGTATTCAATAAGCTGTATTCTGTGATTGGTATCACAGTTTTGTTTCGGGGGAATAGAGGGCGTTTGTTCGTTAATTTTGATTCATCATCAGTTTGTTATACTCtggtgt > 2:1878261/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |