| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,217,818 | G→T | 8.2% | V54F (GTT→TTT) | yjbB → | putative Na+/Pi‑cotransporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,217,818 | 0 | G | T | 8.2% | 1264.1 / 55.1 | 335 | V54F (GTT→TTT) | yjbB | putative Na+/Pi‑cotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (148/159); new base T (17/11); total (165/170) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 344 total aligned reads displayed.
TGCTTCACCTGCTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATTCTCACCTTCGAC > CP009273/4217669‑4217967 | ttCACCTGCTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTa < 1:5074150/150‑1 (MQ=255) cACCTGCTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTAcc < 2:1237177/150‑1 (MQ=255) aCCTGCTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCg > 2:1926842/1‑150 (MQ=255) 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cGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACagag < 1:4676385/150‑1 (MQ=255) gTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGc > 2:693383/1‑150 (MQ=255) gTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGc > 2:4239081/1‑150 (MQ=255) tCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCTTTACCGCACTGGTACAGAGCa > 1:2061995/1‑150 (MQ=255) tCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCa < 1:591218/150‑1 (MQ=255) 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ccTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTaa < 1:1173395/150‑1 (MQ=255) tCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGccacca < 2:2669055/150‑1 (MQ=255) cTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGccaccac > 2:2338185/1‑150 (MQ=255) tGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGccaccacc < 2:324399/150‑1 (MQ=255) gggggACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGccaccacca > 2:4454805/1‑150 (MQ=255) 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ccGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGgcg < 1:5024468/150‑1 (MQ=255) gCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCt < 2:922876/150‑1 (MQ=255) gCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCt > 1:1889157/1‑150 (MQ=255) cTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTa < 2:2868686/150‑1 (MQ=255) tCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCTTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTaa < 2:2949620/150‑1 (MQ=255) 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ccTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATgg > 1:2155743/1‑150 (MQ=255) cTTTTGCGCGGGGATCGGCTTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATggt < 1:444387/150‑2 (MQ=255) cTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGgc > 1:992961/1‑150 (MQ=255) cgcgGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTAt > 2:2233668/1‑150 (MQ=255) ggggATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATtct < 1:681971/150‑1 (MQ=255) ggggATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATtct > 2:835141/1‑150 (MQ=255) ggATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATTCTCa > 1:3701444/1‑150 (MQ=255) tCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATTCTCACCt > 2:4921225/1‑150 (MQ=255) cGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATTCTCACCtt < 1:1583926/150‑1 (MQ=255) ggCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATTCTCACCTTc < 2:4736131/150‑1 (MQ=255) gCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATTCTCACCTTCg > 2:3659758/1‑150 (MQ=255) gTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATTCTCACCTTCGAc > 2:5060618/1‑150 (MQ=255) | TGCTTCACCTGCTTTCTGCCGTCGCCCTGCTGGTCTGGGGGACTCATATTGTTCGAACCGGCGTAATGCGCGTCTTCGGCGCGCGTTTGCGTACTGTCCTTAGCCGGAGCGTCGAAAAAAAGCCGCTCGCCTTTTGCGCGGGGATCGGCGTTACCGCACTGGTACAGAGCAGTAATGCCACCACCATGCTGGTGACCTCGTTTGTCGCTCAGGATCTGGTAGCCCTCGCACCGGCTCTGGTCATTGTGCTGGGTGCAGATGTCGGGACGGCGCTAATGGCGCGTATTCTCACCTTCGAC > CP009273/4217669‑4217967 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |