| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 397,959 | G→A | 43.1% | A253T (GCG→ACG) | phoA → | bacterial alkaline phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 397,959 | 0 | G | A | 43.1% | 161.5 / inf | 276 | A253T (GCG→ACG) | phoA | bacterial alkaline phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (86/71); new base A (55/64); total (141/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
ACGCTCTGGAAAAAGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCGGTGACGGAAGCGAATCAGCAAAAACCCCTGCTTGGCCTGTTTGCTGACGGCAATATGCCAGTGCGCTGGCTAGGACCGAAAGCAACGTACCATGGCAATATCG > CP009273/397810‑398106 | aCGCTCTGGAAAAAGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAACCACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAacaggcacagg < 2:4820451/150‑1 (MQ=255)aCGCTCTGGAAAAAGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAacaggcacagg < 2:475266/150‑1 (MQ=255) cGCTCTGGAAAAAGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAacaggcacaggc < 1:1666402/150‑1 (MQ=255) gCTCTGGAAAAAGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGgcg > 2:1119521/1‑150 (MQ=255) ggAAAAAGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTgg < 2:4311123/150‑1 (MQ=255) ggAAAAAGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTgg < 2:1654639/150‑1 (MQ=255) caaaaaGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGAGCCGACCTTACGCTTGGCGCCGGCGCAAAAACCTTAGCTGAAACGCCAACCGATGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTgga > 2:4159132/2‑149 (MQ=255) aaaaaGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGtt > 1:4880512/1‑150 (MQ=255) aaaGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTAt < 1:4237437/150‑1 (MQ=255) aaGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATc > 1:1428636/1‑150 (MQ=255) aGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATCa > 1:267507/1‑150 (MQ=255) ggCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATCAg > 2:3977140/1‑150 (MQ=255) ggCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAg > 1:1872196/1‑150 (MQ=255) cGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATCAGtt > 1:5097411/1‑150 (MQ=255) cGGAAAAGGATCGAGTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATCAGtt < 1:2924224/150‑1 (MQ=255) ggAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATCAGTTg < 1:1787752/150‑1 (MQ=255) ggAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTg < 2:3135131/150‑1 (MQ=255) ggAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTg > 1:2606997/1‑150 (MQ=255) ggATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGc < 1:1148019/150‑1 (MQ=255) tCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGAt > 1:1959317/1‑150 (MQ=255) aTTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGAtgct < 1:3867527/150‑1 (MQ=255) tACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGACGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGAtgctgc < 2:4890435/150‑1 (MQ=255) aCCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGcc < 2:5128898/150‑1 (MQ=255) 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acaggcGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCGGTGACGGAAGCGAATCAGCAAAAACCCCTGCTTGGCCTGTTTGCTGACGGCAATATGCCAGTGCGCTGGCTAGGACCGAAAGCAACGTACCATGGCAatat < 2:2841223/150‑1 (MQ=255) cagacGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCGGTGACGGAAGCGAATCAGCAAAAACCCCTGCTTGGCCTGTTTGCTGACGGCAATATGCCAGTGCGCTGGCTAGGACCGAAAGCAACGTACCATGGCAATATc > 2:2640223/1‑150 (MQ=255) | ACGCTCTGGAAAAAGGCGGAAAAGGATCGATTACCGAACAGCTGCTTAACGCTCGTGCCGACGTTACGCTTGGCGGCGGCGCAAAAACCTTTGCTGAAACGGCAACCGCTGGTGAATGGCAGGGAAAAACGCTGCGTGAACAGGCACAGGCGCGTGGTTATCAGTTGGTGAGCGATGCTGCCTCACTGAATTCGGTGACGGAAGCGAATCAGCAAAAACCCCTGCTTGGCCTGTTTGCTGACGGCAATATGCCAGTGCGCTGGCTAGGACCGAAAGCAACGTACCATGGCAATATCG > CP009273/397810‑398106 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |