| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,268,967 | A→T | 16.0% | S187S (TCA→TCT) | yjcD → | inner membrane putative guanine permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,268,967 | 0 | A | T | 16.0% | 982.1 / 165.7 | 349 | S187S (TCA→TCT) | yjcD | inner membrane putative guanine permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (132/161); new base T (26/30); total (158/191) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 350 total aligned reads displayed.
CCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTCGCCATGCCTTCATTGAGC > CP009273/4268818‑4269114 | aCGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTgg < 1:3216739/150‑1 (MQ=255) cGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGt < 2:2444244/150‑1 (MQ=255) tgtgGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAgg < 2:3049680/150‑1 (MQ=255) tgGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTc > 2:3436516/1‑150 (MQ=255) cgcACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTgg > 1:4546043/1‑150 (MQ=255) cgcACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTgg < 2:2364732/150‑1 (MQ=255) gcacggcacgGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGc > 2:4322852/1‑150 (MQ=255) acggcacggGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCgg > 1:1788609/1‑150 (MQ=255) ggcacggGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTg < 1:2801257/150‑1 (MQ=255) ggcacggGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTg > 2:2755271/1‑150 (MQ=255) gcacggGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGa > 1:3016874/1‑150 (MQ=255) cacggGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGat < 1:3725114/150‑1 (MQ=255) cacggGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGat < 1:417946/150‑1 (MQ=255) acggGGAGTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGatc < 2:2477955/150‑1 (MQ=255) cggGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTCAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGCTTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGatca > 2:3759145/1‑150 (MQ=255) cggGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGatca < 2:570502/150‑1 (MQ=255) ggggATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGatcat > 2:4043821/1‑150 (MQ=255) gggATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGatcatc < 2:5028654/150‑1 (MQ=255) ggATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCg < 1:1652725/150‑1 (MQ=255) aTTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGc > 1:1719502/1‑150 (MQ=255) tATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGa > 2:81339/1‑150 (MQ=255) cTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTg > 2:4890479/1‑150 (MQ=255) tGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGa < 2:4659606/150‑1 (MQ=255) tGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCGGGTGATTAAAAACCCGCGTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATGTCGCGACCTTCCCGGTGATTAGGTCACTGGGAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGa > 1:4950486/1‑150 (MQ=255) ttCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGaaa < 2:2551802/150‑1 (MQ=255) ttCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGaaa < 2:1721894/150‑1 (MQ=255) ttCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGaaa > 1:235661/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGt > 2:1838647/1‑150 (MQ=255) ctgctgCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTc > 1:2051934/1‑150 (MQ=255) ctgctgCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTc > 1:2278444/1‑150 (MQ=255) tCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCtggtg > 1:2413745/1‑150 (MQ=255) cATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCtggtgg < 1:199738/150‑1 (MQ=255) ttGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCa < 1:4468154/150‑1 (MQ=255) ttGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCa > 1:4428873/1‑150 (MQ=255) gCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCAtt > 1:1539086/1‑150 (MQ=255) gCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCAtt < 2:230666/150‑1 (MQ=255) ccGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTc < 2:2972713/150‑1 (MQ=255) cGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTct < 1:2984276/150‑1 (MQ=255) 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tGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTtctc > 1:5112924/1‑150 (MQ=255) ttCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGc > 2:3903220/1‑150 (MQ=255) ttCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGc > 2:2270506/1‑150 (MQ=255) cgcgACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGt > 1:2685785/1‑150 (MQ=255) gACCTTCCCGGTGATTATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGtttt > 1:4593674/1‑150 (MQ=255) 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tATGTCTCTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTCGCCATGCCTTCAtt < 1:1371009/150‑1 (MQ=255) tATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTCGCCATGCCTTCAtt > 2:1016968/1‑150 (MQ=255) | CCTCACGGTGTGGCGCACGGCACGGGGATTGGTATCGGTCTGTTCCTGCTGCTCATTGCCGCTAACGGTGTCGGTCTGGTGATTAAAAACCCGCTTGATGGTCTGCCCGTTGCGCTGGGTGATTTCGCGACCTTCCCGGTGATTATGTCACTGGTAGGTCTGGCGGTGATCATCGGCCTGGAAAAACTGAAAGTCCCTGGTGGCATTCTGCTGACCATTATCGGTATCTCAATTGTCGGTTTGATCTTCGATCCTAACGTCCATTTCTCCGGCGTTTTCGCCATGCCTTCATTGAGC > CP009273/4268818‑4269114 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |