| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,338,712 | T→A | 16.1% | intergenic (‑151/+420) | dcuB ← / ← dcuR | C4‑dicarboxylate transporter, anaerobic; DcuS co‑sensor/response regulator in two‑component regulatory system with DcuS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,338,712 | 0 | T | A | 16.1% | 939.3 / 151.5 | 328 | intergenic (‑151/+420) | dcuB/dcuR | C4‑dicarboxylate transporter, anaerobic; DcuS co‑sensor/response regulator in two‑component regulatory system with DcuS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (139/136); new base A (29/24); total (168/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 330 total aligned reads displayed.
TGAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATTAAAGCAGCGGCAAATTTATGCACTGTGATAAGCGGCTTTTTCAGAGAGAAAGACTCTCTGGCGATGGGTTTATAGTTTGTACTGCGCAGATGTTAATGTTTTGTTTGCTGTTATCTTATTGATATTTATCGGTCTATTTTTTGTTCTCA > CP009273/4338565‑4338861 | gAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATTaaa > 2:1883403/1‑150 (MQ=255) gAACCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATTaaa > 1:3871672/1‑150 (MQ=255) aaCCCTCGCGATAATCCTATTTAAATTTTTGCTGAATAGATCACAGTCACGTTCTGTTTTGTATGAACTGTTTTCAGAGCCTGACTAAATATCCGTTTGGTCGTTACCGGCTTTAGCAAATACCTCACAGTGAATATTGGCTGATTAAag > 2:332770/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |