| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,417,551 | A→C | 93.7% | pseudogene (41/402 nt) | ytfA → | pseudogene, related to transcriptional regulators |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,417,551 | 0 | A | C | 93.7% | 1087.2 / 32.7 | 286 | pseudogene (41/402 nt) | ytfA | pseudogene, related to transcriptional regulators |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (12/6); new base C (120/148); total (132/154) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.84e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
GGGGAGAAAATGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGATTATTATATTGCTAATCCTTGGTTTTTAAAAATTGTGCATAGTGAAAATCAAAGTAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGATGAAGGGAAGAAAC > CP009273/4417404‑4417700 | ggAGAAAATGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGcttat < 1:47011/150‑1 (MQ=255) agaAAATGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCttatta < 1:2996552/150‑1 (MQ=255) agaAAATGACTTCCACGCCTTACACCGTACATTCTTGTTGTGCGGTATGTAATTATTCTACGCTGTCGGTATCGGTGTATTCGTTAATCAGCAGGTTAGCCAGCCACAAAAAGCCATTGAGAAAATTATTGATTTTACATGGGCttatta < 2:534574/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |