Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,417,755 | C→A | 6.2% | pseudogene (245/402 nt) | ytfA → | pseudogene, related to transcriptional regulators |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,417,755 | 0 | C | A | 6.2% | 1194.6 / 31.6 | 306 | pseudogene (245/402 nt) | ytfA | pseudogene, related to transcriptional regulators |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (145/141); new base A (15/5); total (160/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.90e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
TAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGATGAAGGGAAGAAACACAATATTTTTAAGCCAGATATCGACCCATTGCAGGTGAATATTAATATTGCTGCGCTTGGCGGATATTATTTGATCAACCAGCATACGCTTGGCCTGGTTTATCACATCAGTATGGTTTCACCCCAGGCACTGGAAGCCAGACGTAAGGTCATCAAAGAGACAATCCTTAGCTGGCTTTTGGTTGACCCTTCATCTACCGCGC > CP009273/4417606‑4417904 | tAAAGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGATGAAGGGAAGAAACACAATATTTTTAAGCCAGATATCGACCCATTGCAGGTGAATATTAATATtgctgc < 2:1043046/150‑1 (MQ=255) aaaGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGATGAAGGGAAGAAACACAATATTTTTAAGCCAGATATCGACCCATTGCAGGTGAATATTAATATTGCTgcg > 2:2685545/1‑150 (MQ=255) aGGTGTGCATTATGCAAAATCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGATGAAGGGAAGAAACACAATATTTTTAAGCCAGATATCGACCCATTGCAGGTGAATATTAATATTGCTGCGCt < 2:2609918/150‑1 (MQ=255) 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aaaaTCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGATGAAGGGAAGAAACACAATATTTTTAAGCCAGATATCGACCCATTGCAGGTGAATATTAATATTGCTGCGCTTGGCGGATATTAttt > 1:838087/1‑150 (MQ=255) aTCACAGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGATGAAGGGAAGAAACACAATATTTTTAAGCCAGATATCGACCCATTGCAGGTGAATATTAATATTGCTGCGCTTGGCGGATATTATTTGAt > 1:136136/1‑150 (MQ=255) cacaGCGTCTCATAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGATGAAGGGAAGAAACACAATATTTTTAAGCCAGATATCGACCCATTGCAGGTGAATATTAATATTGCTGAGCTTGGCGGATATTATTTGATCa < 2:1332443/150‑1 (MQ=255) aGCGTCTCTTAGAAATTAACCATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGATGAAGGGAAGAAACACAATATTTTTAAGCCAGATATCGACCCATTGCAGGTGAATATTAATATTGCTGCGCTTGGCGGATATTATTTGATCAAcc < 1:4404225/150‑1 (MQ=255) aGCGTCTCTTAGAAATTAACAATGCGCACTTGCAGTTAATGGAATCCTTATTGGATGAAGGGAAGAAACACAATATTTTTAAGCCAGATATCGACCCATTGCAGGTGAATATTAATATTGCTGCGCTTGGCGGATATTATTTGATCAAcc > 1:1008566/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |