Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 42,415 | A→C | 11.8% | T5P (ACT→CCT) | fixA → | anaerobic carnitine reduction putative electron transfer flavoprotein subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 42,415 | 0 | A | C | 11.8% | 874.2 / 110.6 | 320 | T5P (ACT→CCT) | fixA | anaerobic carnitine reduction putative electron transfer flavoprotein subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (147/135); new base C (19/19); total (166/154) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.64e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 336 total aligned reads displayed.
ATTGAAAGTTGGATTTATCTGCGTGTGACATTTTCAATATTGGTGATTAAAGTTTTATTTCAAAATTAAAGGGCGTGATATCTGTAATTAACACCACCGATATGAACGACGTTTCCTTCATGATTTCTGGAGATGCAATGAAGATTATTACTTGCTATAAGTGCGTGCCTGATGAACAGGATATTGCGGTCAATAATGCTGATGGTTCATTAGACTTCAGCAAAGCCGATGCCAAAATAAGCCAATACGATCTCAACGCTATTGAAGCGGCTTGCCAGCTAAAGCAACAGGCAGCAGAG > CP009273/42266‑42564 | atTGAAAGTTGGATTTATCTGCGTGTGACATTTTCAATATTGGTGATTAAAGTTTTATTTCAAAATTAAAGGGCGTGATATCTGTAATTAACACCACCGATATGAACGACGTTTCCTTCATGATTTCTGGAGATGCAATGAAGAttatta < 1:4500392/150‑1 (MQ=255) gAAAGTTGGATTTATCTGCGTGTGACATTTTCAATATTGGTGATTAAAGTTTTATTTCAAAATTAAAGGGCGTGATATCTGTAATTAACACCACCGATATGAACGACGTTTCCTTCATGATTTCTGGAGATGCAATGAAGATTATTACtt < 2:3154090/150‑1 (MQ=255) aaaGTTGGATTTATCTGCGTGTGACATTTTCAATATTGGTGATTAAAGTTTTATTTCAAAATTAAAGGGCGTGATATCTGTAATTAACACCACCGATATGAACGACGTTTCCTTCATGATTTCTGGAGATGCAATGAAGATTATTACTTg > 2:4154284/1‑150 (MQ=255) 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attaCTTGCTATAAGTGCGTGCCTGATGAACAGGATATTGCGGTCAATAATGCTGATGGTTCATTAGACTTCAGCAAAGCCGATGCCAAAATAAGCCAATACGATCTCAACGCTATTGAAGCGGCTTGCCAGCTAAAGCAACAGgcagca < 1:1384976/150‑1 (MQ=255) aCTTGCTATAAGTGCGTGCCTGATGAACAGGATATTGCGGTCAATAATGCTGATGGTTCATTAGACTTCAGCAAAGCCGATGCCAAAATAAGCCAATACGATCTCAACGCTATTGAAGCGGCTTGCCAGCTAAAGCAACAGGCAGCagag < 2:2317202/150‑1 (MQ=255) | ATTGAAAGTTGGATTTATCTGCGTGTGACATTTTCAATATTGGTGATTAAAGTTTTATTTCAAAATTAAAGGGCGTGATATCTGTAATTAACACCACCGATATGAACGACGTTTCCTTCATGATTTCTGGAGATGCAATGAAGATTATTACTTGCTATAAGTGCGTGCCTGATGAACAGGATATTGCGGTCAATAATGCTGATGGTTCATTAGACTTCAGCAAAGCCGATGCCAAAATAAGCCAATACGATCTCAACGCTATTGAAGCGGCTTGCCAGCTAAAGCAACAGGCAGCAGAG > CP009273/42266‑42564 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |