Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,469,639 | T→G | 5.8% | N31K (AAT→AAG) | yjgN → | DUF898 family inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,469,639 | 0 | T | G | 5.8% | 888.7 / 39.5 | 277 | N31K (AAT→AAG) | yjgN | DUF898 family inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (116/145); new base G (6/10); total (122/155) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
TTTTACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGGCTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAATGTGTTGTTAACGATTATAACGCTAGGTATCTATTTACCATGGGCATTAATGAAATGTAAGCGTTATCTTTATGCTAATATGGAAGTTAACGGACAACGATTTTCTTATGGAATTACCGGTGGGAATGTTTTTGTTAGTTGTCTTTTTTT > CP009273/4469490‑4469788 | ttttACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAAt < 1:1565278/150‑1 (MQ=255) gttttCTGTCTGTATATACAAGTTATATCCACGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAAt < 2:5099309/149‑1 (MQ=255) tACTGTCTGTATATATAAGTTATATCAATGGATTTTTTAATTCAGGGAATTTTTATGACTCAAGTTATTAATGAAATGGATGTTCCGTCCCATTCGTTTGTTTTTCATGGTACAGGTGAGAGATATTTTCTTATTTGTGTGGTGAAtgtg < 2:1395078/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |