Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,481,249 | A→T | 24.9% | V365E (GTG→GAG) | idnT ← | L‑idonate and D‑gluconate transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 4,481,249 | 0 | A | T | 24.9% | 555.5 / 206.4 | 272 | V365E (GTG→GAG) | idnT | L‑idonate and D‑gluconate transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (104/100); new base T (32/36); total (136/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
GCAACGTTTCACCAACCGTCAGATTAAAATACCCTTTAAATAGCCAGAAGCCAGGGTCGTTTACGTGTGACGCGATCACGCTGCCCGCACCGGTTGCCAGTACCATTAAAGCGGGATCGGCATGGGTAACGTTGATAATCGGCAACACCACACCCGCGGTGGTAATGGCCGCGACGGTGGCAGAGCCCAGAGCGATACGCAACAGCGCCGCAACAGTCCAGCACATCAATAACGGCGAAAGTGTAGTTCCGGTCATTAAGTGTGAAATATAGTGCCCGACACCGCTATCTACTAA > CP009273/4481103‑4481397 | gCAACGTTTCACCAACCGTCAGATTAAAATACCCTTTAAATAGCCAGAAGCCAGGGTCGTTTACGTGTGACGCGATCACGCTGCCCGCACCGGTTGCCAGTACCATTAAAGCGGGATCGGCATGGGTAACGTTGATAATCGGCAacacca < 2:2638298/150‑1 (MQ=255) cAACGTTTCACCAACCGTCAGATTAAAATACCCTTTAAATAGCCAGAAGCCAGGGTCGTTTACGTGTGACGCGATCACGCTGCCCGCACCGGTTGCCAGTACCATTAAAGCGGGATCGGCATGGGTAACGTTGATAATCGGCAacaccac < 1:3180284/150‑1 (MQ=255) cAACGTTTCACCAACCGTCAGATTAAAATACCCTTTAAATAGCCAGAAGCCAGGGTCGGTTACGTGTGACGCGATCACGCTGCCCGCACCGGTTGCCAGTACCATTAAAGCGGGATCGGCATGGGTAACGTTGATAATCGGCAactccac > 1:3731209/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |