| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 433,551 | G→T | 94.0% | S14Y (TCC→TAC) | yajO ← | 2‑carboxybenzaldehyde reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 433,551 | 0 | G | T | 94.0% | 1088.8 / 52.1 | 343 | S14Y (TCC→TAC) | yajO | 2‑carboxybenzaldehyde reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/5); new base T (160/161); total (176/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.34e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 343 total aligned reads displayed.
TCAGAATAACTGTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGGAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTATTGCATGCTGCCACTCCTGCTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGGCTGCATTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGCTTCACTCGTTT > CP009273/433404‑433697 | cAGAATAACTGTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTaaa > 2:1042279/1‑150 (MQ=255) cAGAATAACTGTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTaaa < 2:1318434/150‑1 (MQ=255) cAGAATAACTGTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGTaaa > 2:4795897/1‑150 (MQ=255) 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cGAGGCAAAGTCGGTAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTATTGCATGCTGCCACTCCTGCTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGGCTGCATTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGc > 2:3050935/1‑150 (MQ=255) gAGGCAAAGTCGGTAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTATTGCATGCTGCCACTCCTGCTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGGCTGCATTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGCt < 2:4189483/150‑1 (MQ=255) ggCAAAGGCGGTAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTATTGCATGCTGCCACTCCTGCTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTTCTGCGGCTGCATTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGCTTc < 1:2235805/150‑1 (MQ=255) cAAAGTCGGTAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTATTGCATGCTGCCACTCCTGCTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGGCTGCATTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGCTTCAc < 1:3542934/150‑1 (MQ=255) cAAAGTCGGTAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTATTGCATGCTGCCACTCCTGCTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGGCTGCATTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGCTTCAc < 2:3883079/150‑1 (MQ=255) 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cGGTAACCGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTAGTGCATGCTGCCACTCCTGCTATACTCGTCATACTTCAAGGTGCATGTGCTGCGGCTGCATTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGCTTCACTCGttt < 2:3945445/150‑1 (MQ=255) cGGTAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTATTGCATGCTGCCACTCCTGCTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGGCTGCATTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGCTTCACTCGttt < 2:2181027/150‑1 (MQ=255) | TCAGAATAACTGTTGGCGGTATCAAAGAAATTTATGCCGCCTTCCAGTGCACGTTTAATTATGGGACGGCTGCTTTCTTCCGGCAGTGTCCATGCGTGATTACCGCGATCTGGCTCGCCAAAGGTCATACAGCCGAGGCAAAGTCGGGAAACGCGAAGGTCGGTTTTTCCTAAGGGGTTGTATTGCATGCTGCCACTCCTGCTATACTCGTCATACTTCAAGTTGCATGTGCTGCGGCTGCATTCGTTCACCCCAGTCACTTACTTATGTAAGCTCCTGGGGCTTCACTCGTTT > CP009273/433404‑433697 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |