| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 4,504,603 | G→T | 6.3% | T631K (ACG→AAG) | fecA ← | ferric citrate outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,504,603 | 0 | G | T | 6.3% | 1421.1 / 43.1 | 363 | T631K (ACG→AAG) | fecA | ferric citrate outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (167/173); new base T (10/13); total (177/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 369 total aligned reads displayed.
TCCAGTTTCCTGGCTTGTAGTCCACGCCCAGCGTGCCTTTATGTTTCGGGGAGAATGGTACCAGATTGCCGTAGGTGTCGCCTTTCTCGCGGATTTCCGCGTTCACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCC > CP009273/4504454‑4504751 | tCCAGTTTCCTGGCTTGTAGTCCACGCCCAGCGTGCCTTTATGTTTCGGGGAGAATGGTACCAGATTGCCGTAGGTGTCGCCTTTCTCGCGGATTTCCGCGTTCACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCg > 2:935831/1‑150 (MQ=255) cAGTTTCCTGGCTTGTAGTCCACGCCCAGCGTGCCTTTATGTTTCGGGGAGAATGGTACCAGATTGCCGTAGGTGTCGCCTTTCTCGCGGATTTCCGCGTTCACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGtt < 2:2800158/150‑1 (MQ=255) cAGTTTCCTGGCTTGTAGTCCACGCCCAGCGTGCCTTTATGTTTCGGGGAGAATGGTACCAGATTGCCGTAGGTGTCGCCTTTCTCGCGGATTTCCGCGTTCACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGtt < 2:1577779/150‑1 (MQ=255) aGTTTCCTGGCTTGTAGTCCACGCCCAGCGTGCCTTTATGTTTCGGGGAGAATGGTACCAGATTGCCGTAGGTGTCGCCTTTCTCGCGGATTTCCGCGTTCACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTa > 2:2054945/1‑150 (MQ=255) tttCCTGGCTTGTAGTCCACGCCGAGCGTGCCTTTATGTTTCGGGGAGAATGGTACCAGATTGCCGTAGGTGTCTCCTTTCTCGCGGATTTCCGCGTTCACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGc < 2:3986600/150‑1 (MQ=255) tttCCTGGCTTGTAGTCCACGCCCAGCGTGCCTTTATGTTTCGGGGAGAATGGTACCAGATTGCCGTAGGTGTCGCCTTTCTCGCGGATTTCCGCGTTCACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGc > 1:3475544/1‑150 (MQ=255) tGGCTTGTAGTCCACGCCCAGCGTGCCTTTATGTTTCGGGGAGAATGGTACCAGATTGCCGTAGGTGTCGCCTTTCTCGCGGATTTCCGCGTTCACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTAcc < 2:2742860/150‑1 (MQ=255) tGGCTTGTAGTCCACGCCCAGCGTGCCTTTATGTTTCGGGGAGAATGGTACCAGATTGCCGTAGGTGTCGCCTTTCTCGCGGATTTCCGCGTTCACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTAcc < 2:4679519/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |