Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,529,937 | C→T | 12.3% | intergenic (‑619/‑837) | nanC ← / → fimB | N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,529,937 | 0 | C | T | 12.3% | 874.5 / 94.6 | 276 | intergenic (‑619/‑837) | nanC/fimB | N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (133/109); new base T (19/15); total (152/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.03e-01 |
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
AAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGG > CP009273/4529788‑4530085 | aaaaCCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTGTAAATAATTTATTAAGAGTc < 2:1716660/150‑1 (MQ=255) aaaaCCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTc > 2:4590988/1‑150 (MQ=255) aaaCCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCt < 2:1415855/150‑1 (MQ=255) aCCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTaa < 2:4084714/150‑1 (MQ=255) ccAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTaaa > 2:3515803/1‑150 (MQ=255) cAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTTTAAAc < 2:2827367/150‑1 (MQ=255) gATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACaa < 1:1297279/150‑1 (MQ=255) gATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACaa < 1:3320773/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |