Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 435,336 | G→T | 94.6% | Q100K (CAG→AAG) | dxs ← | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase, thiamine triphosphate‑binding, FAD‑requiring |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 435,336 | 0 | G | T | 94.6% | 1058.4 / 41.7 | 336 | Q100K (CAG→AAG) | dxs | 1‑deoxyxylulose‑5‑phosphate synthase, thiamine triphosphate‑binding, FAD‑requiring |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/7); new base T (174/143); total (186/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.36e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 336 total aligned reads displayed.
CACAGACGGTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAGCCCGGAGGCG > CP009273/435189‑435484 | cacaGACGGTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTAc < 2:1751997/150‑1 (MQ=255) gACGGTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGAt < 2:322041/150‑1 (MQ=255) cGGTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATgg < 1:2779009/150‑1 (MQ=255) ggTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGt > 2:4947875/1‑150 (MQ=255) ggcgATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGa > 2:1889288/1‑150 (MQ=255) cgATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGAtt < 2:4121104/150‑1 (MQ=255) gATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGAttt < 2:199707/150‑1 (MQ=255) aTTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGAtttt < 1:3006789/150‑1 (MQ=255) gCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGAGGGAGGTTGAGGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTGCTGACGGATGGTGCCGAGTTTGTcgcg > 2:4342402/1‑150 (MQ=255) cttcttTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCgcggc < 1:3334904/150‑1 (MQ=255) tttttCGGCAGCAACCGCAATACCACTTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTcc < 1:5081625/150‑1 (MQ=255) tttttCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTcc > 1:1150585/1‑150 (MQ=255) tttttCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTcc > 2:3078493/1‑150 (MQ=255) 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gcaACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAAtt > 2:4896965/1‑150 (MQ=255) aaCCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAAtttt < 2:2440100/150‑1 (MQ=255) aCCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTa > 1:10651/1‑150 (MQ=255) ccGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTAt > 2:218461/1‑150 (MQ=255) cGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATg > 2:4576809/1‑150 (MQ=255) cGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATg > 2:657531/1‑150 (MQ=255) aaTACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCgg > 2:3483423/1‑150 (MQ=255) cAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAg > 2:4704314/1‑150 (MQ=255) aaTTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCCAAATTTTATGCGGATAAGc > 2:55981/1‑150 (MQ=255) aaTTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGc < 1:4826997/150‑1 (MQ=255) 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tCTTACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAGCCCGGAgg < 2:1228308/150‑1 (MQ=255) tCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAGCCCGGAgg < 1:834091/150‑1 (MQ=255) | CACAGACGGTGCGGCGATTTTTGCCTTCTTTTTCGGCAGCAACCGCAATACCAATTCCGGCACTGATGGAGGTTGATGAATGCCCGACGCTTAATACGTCATATTCGCTTTCGCCGCGCCACGGGAACGGGTGCAGACCGCCTTTCTGACGGATGGTGCCGATTTTGTCGCGGCGTCCGGTCAAAATTTTATGCGGATAAGCCTGATGCCCCACATCCCAAATCAATTGGTCAAACGGGGTGTTGTAGACATAGTGCAGCGCCACGGTCAGTTCGACCGTGCCCAGCCCGGAGGCG > CP009273/435189‑435484 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |