Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 4,604,966 | G→T | 7.9% | A132E (GCG→GAG) | yjjW ← | putative pyruvate formate lyase activating enzyme |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,604,966 | 0 | G | T | 7.9% | 1175.3 / 50.6 | 315 | A132E (GCG→GAG) | yjjW | putative pyruvate formate lyase activating enzyme |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (138/152); new base T (15/10); total (153/162) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 |
Only 100 of 323 total aligned reads displayed.
ATTCGCTCCCCCACGCTTTGAGATCGAGCATTGCGCCGTCGCACACCGGGAGCAATTTTTCCCAGCCGGTTTCGCTCAACATGCCGTTACTGTCCACCAGACAGGTGAGATGGCGCAGTTGCGGATCGTTTTTGATAGCAGTAAACAGCGCCACCACAAACGGCAGCTGGGTCGTGGCTTCACCGCCACTCACCGTTATCCCTTCGATAAACAGCACTGCTTTGCGGACATGGCTAAGCACTTCGTCCACGCTCATGGATTGCGCCATGGGCGTGGCATGTTGCGGACACCTCTTCAGG > CP009273/4604817‑4605115 | aTTCGCTCCCCCACGCTTTGAGATCGAGCATTGCGCCGTCGCACACCGGGAGCAATTTTTCCCAGCCGGTTTCGCTCAACATGCCGTTACTGTCCACCAGACAGGTGAGATGGCGCAGTTGCGGATCGTTTTTGATAGCAGTAAACAgcg < 2:2956147/150‑1 (MQ=255) tCGCTCCCCCACGCTTTGAGATCGAGCATTGCGCCGTCGCACACCGGGAGCAATTTTTCCCAGCCGGTTTCGCTCAACATGCCGTTACTGTCCACCAGACAGGTGAGATGGCGCAGTTGCGGATCGTTTTTGATAGCAGTAAACAGCTcc > 1:4587902/1‑150 (MQ=255) tCGCTCCCCCACGCTTTGAGATCGAGCATTGCGCCGTCGCACACCGGGAGCAATTTTTCCCAGCCGGTTTCGCTCAACATGCCGTTACTGTCCACCAGACAGGTGAGATGGCGCAGTTGCGGATCGTTTTTGATAGCAGTAAACAGCGcc < 2:5040084/150‑1 (MQ=255) tCCCCCACGCTTTGAGATCGAGCATTGCGCCGTCGCACACCGGGAGCAATTTTTCCCAGCCGGTTTCGCTCAACATGCCGTTACTGTCCACCAGACAGGTGAGATGGCGCAGTTGCGGATCGTTTTTGATAGCAGTAAACAGCGccacca < 2:4077480/150‑1 (MQ=255) ccACGCTTTGAGATCGAGCATTGCGCCGTCGCACACCGGGAGCAATTTTTCCCAGCCGGTTTCGCTCAACATGCCGTTACTGTCCACCAGACAGGTGAGATGGCGCAGTTGCGGATCGTTTTTGATAGCAGTAAACAGCTCCACCACaaa > 2:3252321/1‑150 (MQ=255) cACGCTTTGAGATCGAGCATTGCGCCGTCGCACACCGGGAGCAATTTTTCCCAGCCGGTTTCGCTCAACATGCCGTTACTGTCCACCAGACAGGTGAGATGGCGCAGTTGCGGATCGTTTTTGATAGCAGTAAACAGCGCCACCACAAAc < 2:4341840/150‑1 (MQ=255) cACGCTTTGAGATCGAGCATTGCGCCGTCGCACACCGGGAGCAATTTTTCCCAGCCGGTTTCGCTCAACATGCCGTTACTGTCCACCAGACAGGTGAGATGGCGCAGTTGCGGATCGTTTTTGATAGCAGTAAACAGCGCCACCACAAAc < 1:1309248/150‑1 (MQ=255) cACGCTTTGAGATCGAGCATTGCGCCGTCGCACACCGGGAGCAATTTTTCCCAGCCGGTTTCGCTCAACATGCCGTTACTGTCCACCAGACAGGTGAGATGGCGCAGTTGCGGATCGTTTTGGATAGCAGTAAACCGCGCCACCACAAAc > 2:4299331/1‑150 (MQ=255) 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tGAGATCGAGCATTGCGCCGTCGCACACCGGGAGCAATTTTTCCCAGCCGGTTTCGCTCAACATGCCGTTACTGTCCACCAGACAGGTGAGATGGCGCAGTTGCGGATCGTTTTTGATAGCAGTAAACAGCGCCACCACAAACGGCAGCt > 1:436514/1‑150 (MQ=255) tCGAGCATTGCGCCGTCGCACACCGGGAGCAATTTTTCCCAGCCGGTTTCGCTCAACATGCCGTTACTGTCCACCAGACAGGTGAGATGGCGCAGTTGCGGATCGTTTTTGATAGCAGTAAACAGCGCCACCACAAACGGCAGCTGGGTc < 1:350067/150‑1 (MQ=255) gAGCATTGCGCCGTCGCACACCGGGAGCAATTTTTCCCAGCCGGTTTCGCTCAACATGCCGTTACTGTCCACCAGACAGGTGAGATGGCGCAGTTGCGGATCGTTTTTGATAGCAGTAAACAGCTCCACCACAAACGGCAGCTGGGTCGt > 2:2412684/1‑150 (MQ=255) gAGCATTGCGCCGTCGCACACCGGGAGCAATTTTTCCCAGCCGGTTTCGCTCAACATGCCGTTACTGTCCACCAGACAGGTGAGATGGCGCAGTTGCGGATCGTTTTTGATAGCAGTAAACAGCGCCACCACAAACGGCAGCTGGGTCGt > 1:4633518/1‑150 (MQ=255) aGCATTGCGCCGTCGCACACCGGGAGCAATTTTTCCCAGCCGGTTTCGCTCAACATGCCGTTACTGTCCACCAGACAGGTGAGATGGCGCAGTTGCGGATCGTTTTTGATAGCAGTAAACAGCGCCACCACAAACGGCAGCTGGGTCGTg < 1:1860925/150‑1 (MQ=255) 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tttGATAGCAGTAAACAGCGCCACCACAAACGGCAGCTGGGTCGTGGCTTCACCGCCACTCACCGTTATCCCTTCGATAAACAGCACTGCTTTGCGGACATGGCTAAGCACTTCGTCCACGCTCATGGATTGCGCCATGGGCGTGGCATg < 1:3192545/150‑1 (MQ=255) tGATAGCAGTAAACAGCGCCACCACAAACGGCAGCTGGGTCGTGGCTTCACCGCCACTCACCGTTATCCCTTCGATAAACAGCACTGCTTTGCGGACATGGCTAAGCACTTCGTCCACGCTCATGGATTGCGCCATGGGCGTGGCATGtt > 1:2041345/1‑150 (MQ=255) gATAGCAGTAAACAGCGCCACCACAAACGGCAGCTGGGTCGTGGCTTCACCGCCACTCACCGTTATCCCTTCGATAAACAGCACTGCTTTGCGGACATGGCTAAGCACTTCGTCCACGCTCATGGATTGCGCCATGGGCGTGGCATGTTg > 1:100130/1‑150 (MQ=255) gATAGCAGTAAACAGCGCCACCACAAACGGCAGCTGGGTCGTGGCTTCACCGCCACTCACCGTTATCCCTTCGATAAACAGCACTGCTTTGCGGACATGGATAAGCACTTCGTCCACGCTCATGGATTGCGCCATGGGCGTGGCATGTTg < 1:4862159/150‑1 (MQ=255) aTAGCAGTAAACAGCGCCACCACAAACGGCAGCTGGGTCGTGGCTTCACCGCCACTCACCGTTATCCCTTCGATAAACAGCACTGCTTTGCGGACATGGCTAAGCACTTCGTCCACGCTCATGGATTGCGCCATGGGCGTGGCATGTTGc > 1:4289257/1‑150 (MQ=255) 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cAGCGCCACCACAAACGGCAGCTGGGTCGTGGCTTCACCGCCACTCACCGTTATCCCTTCGATAAACAGCACTGCTTTGCGGACATGGCTAAGCACTTCGTCCACGCTCATGGATTGCGCCATGGGCGTGGCATGTTGCGGACACCTCtt < 1:4125542/150‑1 (MQ=255) gcgcCACCACAAACGGCAGCTGGGTCGTGGCTTCACCGCCACTCACCGTTATCCCTTCGATAAACAGCACTGCTTTGCGGACATGGCTAAGCACTTCGTCCACGCTCATGGATTGCGCCATGGGCGTGGCATGTTGCGGACACCTCTTca < 2:4515896/150‑1 (MQ=255) | ATTCGCTCCCCCACGCTTTGAGATCGAGCATTGCGCCGTCGCACACCGGGAGCAATTTTTCCCAGCCGGTTTCGCTCAACATGCCGTTACTGTCCACCAGACAGGTGAGATGGCGCAGTTGCGGATCGTTTTTGATAGCAGTAAACAGCGCCACCACAAACGGCAGCTGGGTCGTGGCTTCACCGCCACTCACCGTTATCCCTTCGATAAACAGCACTGCTTTGCGGACATGGCTAAGCACTTCGTCCACGCTCATGGATTGCGCCATGGGCGTGGCATGTTGCGGACACCTCTTCAGG > CP009273/4604817‑4605115 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |