| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,625,288 | T→C | 89.7% | intergenic (‑161/‑50) | rob ← / → creA | right oriC‑binding transcriptional activator, AraC family/putative periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,625,288 | 0 | T | C | 89.7% | 1064.8 / 89.1 | 322 | intergenic (‑161/‑50) | rob/creA | right oriC‑binding transcriptional activator, AraC family/putative periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/13); new base C (145/143); total (166/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
CTTTCAACAACGAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTATTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAA > CP009273/4625142‑4625434 | tCAACAACGAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCg > 1:2930013/1‑150 (MQ=255) acaacGAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTATTTACCGTGa > 2:1047805/1‑150 (MQ=255) caacGAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTACTTACCGTGAc < 2:1012279/150‑1 (MQ=255) 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atGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTa < 2:2906669/150‑1 (MQ=255) tGTTACTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTaa > 2:1401709/1‑150 (MQ=255) | CTTTCAACAACGAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTAATCAATATGTTATTTACCGTGACGAACTAATTGCTCGTGTAATAGATAAAAATGGTAACAATATGAAATACAAGCATTTGATCCTGTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAA > CP009273/4625142‑4625434 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |