Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 546,491 | G→T | 91.1% | V199V (GTG→GTT) | ybcF → | putative carbonate kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 546,491 | 0 | G | T | 91.1% | 920.6 / 80.8 | 323 | V199V (GTG→GTT) | ybcF | putative carbonate kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (11/18); new base T (146/148); total (157/166) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.80e-01 |
Only 100 of 340 total aligned reads displayed.
TTTGCGCCGGGTGGTGGCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGC > CP009273/546344‑546637 | tttGCGCCGGGTGGGGGCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGttat < 2:4084219/150‑1 (MQ=255) ttGCGCCGGGTGGTGGCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGttatt > 1:987802/1‑150 (MQ=255) ttGCGCCGGGTGGTGGCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGttatt < 1:3827433/150‑1 (MQ=255) tGCGCCGGGTGGTGGCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGttattg > 1:2276238/1‑150 (MQ=255) gcgcCGGGTGGTGGCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGttattga > 2:2536410/1‑150 (MQ=255) gcgcCGGGTGGTGGCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGttattga > 2:3475829/1‑150 (MQ=255) ccGGGTGGTGGCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATaa < 1:1156385/150‑1 (MQ=255) ggtggtGGCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGa > 2:3815715/1‑150 (MQ=255) ggtggCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGAtct < 1:4892127/150‑1 (MQ=255) ggtggCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGAtct < 2:2671418/150‑1 (MQ=255) ggtggCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCAGGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGAtct > 2:4587803/1‑150 (MQ=255) ggtggCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCAGGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGGGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTAGTGATAAAGAtct > 2:389372/1‑150 (MQ=255) tggCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTcg < 1:3193738/150‑1 (MQ=255) cGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCGGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGAGAAAGATCTcgccg > 2:2350390/1‑150 (MQ=255) gTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTcgacgc > 1:1931186/1‑150 (MQ=255) tcCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTCTTGATAAAGATCTCGCCGCTGc > 1:3595712/1‑150 (MQ=255) cAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTg < 2:171235/150‑1 (MQ=255) aaCCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGc > 1:3280597/1‑150 (MQ=255) aaCCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCAGGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTCTTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGc > 2:3971979/1‑150 (MQ=255) ccGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTc < 2:3529687/150‑1 (MQ=255) ccGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTc < 2:4904840/150‑1 (MQ=255) cgTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGcc < 1:3005366/150‑1 (MQ=255) cgTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGcc < 2:4129377/150‑1 (MQ=255) gTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCg > 1:2512459/1‑150 (MQ=255) gTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCg > 1:366354/1‑150 (MQ=255) gTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCg > 2:5138264/1‑150 (MQ=255) tAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGa > 2:2881961/1‑150 (MQ=255) aaaaTTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAg > 1:4855362/1‑150 (MQ=255) aaaTTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGc > 1:4675360/1‑150 (MQ=255) aaaTTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGc > 1:2334025/1‑150 (MQ=255) aaTTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCa > 2:24691/1‑150 (MQ=255) aTTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAg > 2:560770/1‑150 (MQ=255) tctcGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGAt < 1:1987966/150‑1 (MQ=255) ctcGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGAtt < 2:3121649/150‑1 (MQ=255) cGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTaa > 1:2759358/1‑150 (MQ=255) gACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAAt < 2:1485117/150‑1 (MQ=255) gCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAg < 2:4445105/150‑1 (MQ=255) gAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGAt > 2:500446/1‑150 (MQ=255) 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aGTTATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAgc > 2:4243226/1‑150 (MQ=255) aGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAgc > 2:3579197/1‑150 (MQ=255) | TTTGCGCCGGGTGGTGGCGTCTCCGCAACCGCGTAAAATTCTCGACAGCGAAGCCATCGAGTTGTTGCTCAAAGAGGGGCATGTGGTGATTTGCAGTGGCGGCGGCGGTGTGCCTGTGACGGATGACGGAGCAGGGAGTGAAGCAGTGATTGATAAAGATCTCGCCGCTGCGTTGCTCGCCGAGCAGATTAATGCAGATGGACTGGTGATCCTCACCGATGCTGATGCGGTATATGAAAACTGGGGAACGCCGCAGCAACGTGCCATTCGCCATGCCACACCGGATGAGTTAGC > CP009273/546344‑546637 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |