| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 557,303 | A→T | 28.1% | E717D (GAA→GAT) | sfmD → | putative outer membrane export usher protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 557,303 | 0 | A | T | 28.1% | 571.9 / 286.6 | 317 | E717D (GAA→GAT) | sfmD | putative outer membrane export usher protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (113/115); new base T (47/42); total (160/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 330 total aligned reads displayed.
GGGTATAACTACGACCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGTTGTGCCGACGCA > CP009273/557154‑557452 | ggTATAACTACGACCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGaaa < 1:4317866/150‑1 (MQ=255) ggTATAACTACGACCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGaaa > 1:3118950/1‑150 (MQ=255) ataACTACGACCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATc < 2:5064617/150‑1 (MQ=255) taACTACGACCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCa < 1:2150307/150‑1 (MQ=255) aCTACGACCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCaaa < 1:133616/150‑1 (MQ=255) cTACGACCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCAGGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTGGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCCTTGATAATCAAAc > 2:2272281/1‑150 (MQ=255) aCGACCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTg > 1:3976765/1‑150 (MQ=255) aCCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCa < 1:2101359/150‑1 (MQ=255) ccGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCAt > 1:2680702/1‑150 (MQ=255) cgcgATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCAtt < 1:4493077/150‑1 (MQ=255) cgcgATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCAtt > 2:2333502/1‑150 (MQ=255) cgcgATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCAtt > 2:919461/1‑150 (MQ=255) gcgATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCGGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCAttt < 1:4526127/150‑1 (MQ=255) cAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAAcc > 2:533528/1‑150 (MQ=255) aaCATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCg > 2:411584/1‑150 (MQ=255) aaCATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCg < 2:3972691/150‑1 (MQ=255) aCATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGa < 2:1856318/150‑1 (MQ=255) tGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTg < 2:2042913/150‑1 (MQ=255) tGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTg < 2:1303906/150‑1 (MQ=255) tGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTg > 2:27487/1‑150 (MQ=255) cGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGgcg < 2:4532071/150‑1 (MQ=255) gTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGgcgc > 1:181722/1‑150 (MQ=255) gTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGgcgc > 2:3749306/1‑150 (MQ=255) ttAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGcgcg > 1:4747396/1‑150 (MQ=255) aaCTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGc < 1:3317933/150‑1 (MQ=255) aaCTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGc > 1:3478861/1‑150 (MQ=255) cTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTa > 2:336979/1‑150 (MQ=255) cAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCGGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCg < 2:1095237/150‑1 (MQ=255) cTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTg < 1:2902483/150‑1 (MQ=255) tGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGa > 2:3012415/1‑150 (MQ=255) tGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCt < 1:2423948/150‑1 (MQ=255) ggTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTAt > 1:2550747/1‑150 (MQ=255) gtgtGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATg < 1:458668/150‑1 (MQ=255) gtgGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGcc > 1:176307/1‑150 (MQ=255) gTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACg > 2:2322400/1‑150 (MQ=255) gggCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGtt > 1:2778062/1‑150 (MQ=255) ggCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGttt < 2:2162763/150‑1 (MQ=255) gCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGTCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTa < 2:2374117/150‑1 (MQ=255) gCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTa < 2:2013120/150‑1 (MQ=255) cATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTAt < 2:788098/150‑1 (MQ=255) aTGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATc > 1:1729501/1‑150 (MQ=255) tGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCg > 2:2836287/1‑150 (MQ=255) gAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCgg > 2:3148426/1‑150 (MQ=255) aaaaTGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGt < 1:4852003/150‑1 (MQ=255) aaTGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATATTAACCGACTGGCGCGGCAATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGaat > 2:3274410/1‑150 (MQ=255) aTGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGtata < 2:3789274/150‑1 (MQ=255) tGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATaa > 1:4155569/1‑150 (MQ=255) cATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCg > 2:888190/1‑150 (MQ=255) aTAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGt < 1:2300850/150‑1 (MQ=255) aTAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGt > 1:3628796/1‑150 (MQ=255) aaCGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTAt > 2:1495601/1‑150 (MQ=255) aCGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATc > 1:537725/1‑150 (MQ=255) aCGCTGAGACATACTTTAGGGGATACCTATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACTCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATc < 2:1693953/150‑1 (MQ=255) cGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATcg < 1:385819/150‑1 (MQ=255) tGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCgcgc > 2:263265/1‑150 (MQ=255) gccagccTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTg > 1:653273/1‑150 (MQ=255) tAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATa > 2:3960551/1‑150 (MQ=255) ggggATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACg > 1:3312651/1‑150 (MQ=255) gATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATg < 2:1017580/150‑1 (MQ=255) gATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATg < 2:2550310/150‑1 (MQ=255) aTACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATgg < 1:2237323/150‑1 (MQ=255) aTACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATgg > 2:311900/1‑150 (MQ=255) aTACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATgg > 2:369033/1‑150 (MQ=255) tACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATggg > 1:3561436/1‑150 (MQ=255) ccAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGa > 1:1006989/1‑150 (MQ=255) ccAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGAGGGGGa > 2:3624063/1‑150 (MQ=255) cAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGaa > 1:1927842/1‑150 (MQ=255) cAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGaa < 1:4887467/150‑1 (MQ=255) ttttGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCa < 1:966982/150‑1 (MQ=255) ttGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATc < 1:826107/150‑1 (MQ=255) gATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGa < 2:4793869/150‑1 (MQ=255) tAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGt < 1:1459173/150‑1 (MQ=255) tAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGt > 2:415291/1‑150 (MQ=255) aaaGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGtt > 2:2285482/1‑150 (MQ=255) aaaGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGtt > 2:1439581/1‑150 (MQ=255) aaaGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGtt < 1:1195910/150‑1 (MQ=255) aaaGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGtt < 1:2403950/150‑1 (MQ=255) aGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGa > 2:1559394/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGaaaaa < 1:1122459/150‑1 (MQ=255) ccTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGaaaaa > 1:3915126/1‑150 (MQ=255) ggCGCAGGCGGTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAat > 2:3552674/1‑150 (MQ=255) gcAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATAtt < 1:3703573/150‑1 (MQ=255) gcAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATAtt > 2:4922626/1‑150 (MQ=255) aGGCGGTGTACGAATTGAAAATCAAAATGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTag > 1:5053765/1‑150 (MQ=255) gCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTagca < 1:3705640/150‑1 (MQ=255) ggTGTACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTagcagc < 1:122972/150‑1 (MQ=255) ggTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTagcagc < 2:551789/150‑1 (MQ=255) tgtACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGt < 1:420873/150‑1 (MQ=255) tACGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGTtg > 2:4426310/1‑150 (MQ=255) cGCATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGTtgtg > 2:4204335/1‑150 (MQ=255) gCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGTTGTGc > 2:944141/1‑150 (MQ=255) cATTGATAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGTTGTGcc > 1:1056251/1‑150 (MQ=255) cATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGTTGTGcc < 1:855687/150‑1 (MQ=255) aTTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGTTGTGCCg > 2:4994627/1‑150 (MQ=255) tGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGTTGTGCCGAc < 2:4402414/150‑1 (MQ=255) tGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGTTGTGCCGAc < 2:1849205/150‑1 (MQ=255) tGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGTTGTGCCGAc < 1:61963/150‑1 (MQ=255) aaaaTCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGTTGTGCCGACGc < 2:2777280/150‑1 (MQ=255) aaaTCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACTATTGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCCGCGTTGTGCCGACTCa > 2:3293369/1‑150 (MQ=255) aaaTCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGTTGTGCCGACGCa > 2:2091860/1‑150 (MQ=255) | GGGTATAACTACGACCGCGATCAACATGACGTTAACTGGCAGCTGTCTGGCGGTGTGGTCGGGCATGAAAATGGCATAACGCTGAGCCAGCCTTTAGGGGATACCAATGTTTTGATTAAAGCGCCTGGCGCAGGCGGTGTACGCATTGAAAATCAAACTGGCATTTTAACCGACTGGCGCGGCTATGCGGTGATGCTGTATGCCACGGTTTATCGGTATAACCGTATCGCGCTTGATACCAATACGATGGGGAATTCCATCGATGTTGAAAAAAATATTAGCAGCGTTGTGCCGACGCA > CP009273/557154‑557452 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |