Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 580,403 | 0 | G | T | 5.0% | 1185.6 / 24.6 | 298 | N229K (AAC→AAA) | ompT | DLP12 prophage; outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (144/139); new base T (5/10); total (149/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
TATTCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCGATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATCAGATGATTCCACCCAGCCGCTGTATTTAAATGTGCCACCGAGTTCAAAATCTTCATAACGATAACTTCCAGTCAAGCCAATGTAGGGCATTTTAAAACGTTGTTTGTAGCCGATTGCTCTTTCTCCATTCGGGAAGGAGCCGAT > CP009273/580255‑580552 | ttCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCGATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCTTTa < 2:4547175/150‑1 (MQ=255) tCGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCGATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTAt > 2:2145201/1‑150 (MQ=255) cGTAACCCGATTCCATGCGCCTTCAACATAAACTTTTGCGTTAGGTGTGACGTAATAACCTGCATTGACTGCAACAGAATAGTAATTTTGGTCTTTGACCTTACTGCGATAAGTGATTCTTTTTCCCGGGTCATAGTGTTCATCGTTATc < 2:4995439/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |