Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 581,203 | A→T | 94.2% | intergenic (‑114/‑310) | ompT ← / → pauD | DLP12 prophage; outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b)/tRNA‑OTHER |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 581,203 | 0 | A | T | 94.2% | 831.7 / 29.9 | 242 | intergenic (‑114/‑310) | ompT/pauD | DLP12 prophage; outer membrane protease VII (outer membrane protein 3b)/tRNA‑OTHER |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/8); new base T (109/118); total (115/127) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.87e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
TTGTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTATCACAATGCGCTATCTGTTTTTGGTTTAATTATCTGTTATTGTTTCATATTTCGGTTTTACTGTGTGG‑TTTTTTTATGCTTTTGTGGTGCTTTTATCTATTTAAGTGCCATGCCTTTAGAGGCATATAAGCGAAAATAGCATGAG > CP009273/581056‑581348 | ttGTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTTTc < 1:4289554/150‑1 (MQ=255) gTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTTTcac < 1:1217024/150‑1 (MQ=255) gTCAGGACTATTCCCAGAAGTTTCGCCCGCATAAAAGTTCTCCATTCAATCGTTTTAATGATTGAATATGTATTTTTTATATCTAACTTAATGAGTCAATTACATATTGCTCCACTGTTTATATTTTGTTTAGTATTGAATGATTTTcac < 2:3510662/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |