Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 80,491 | G→T | 10.1% | intergenic (‑296/‑364) | leuL ← / → leuO | leu operon leader peptide/global transcription factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 80,491 | 0 | G | T | 10.1% | 990.0 / 58.9 | 278 | intergenic (‑296/‑364) | leuL/leuO | leu operon leader peptide/global transcription factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (106/143); new base T (13/16); total (119/159) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
ATATTAATTTCTGCTTAACTACCGACGCTTTTCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGATTTTTTTTGATATTGATTTGGTGAATATTATTGATCAATTAATGTTAAGAATTAATGCATTAAATATATAAATTAATTATTAAATAAGCACATTTAATCCATTTTGTAGATGATTGAGTATTCGCGGTAGTTATGATTAGATTGTTTT > CP009273/80343‑80640 | atatTAATTTCTGCTTAACTACCGACGCTTTTCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGa > 2:4513067/1‑150 (MQ=255) atTAATTTCTGCTTAACTACCGACGCTTTTCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGAtt > 1:3974484/1‑150 (MQ=255) ttAATTTCTGCTTAACTACCGACGCTTTTCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCTAttt < 2:4421451/150‑1 (MQ=255) ttAATTTCTGCTTAACTACCGACGCTTTTCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGAttt > 2:1369537/1‑150 (MQ=255) tAATTTCTGCTTAACTACCGACGCTTTTCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGAtttt < 1:253073/150‑1 (MQ=255) aaTTTCTGCTTAACTACCGACGCTTTTCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGAttttt > 1:4743546/1‑150 (MQ=255) aTTTCTGCTTAACTACCGACGCTTTTCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGAtttttt > 2:4067367/1‑150 (MQ=255) tttCTGCTTAACTACCGACGCTTTTCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGAttttttt < 2:2644983/150‑1 (MQ=255) tttCTGCTTAACTACCGACGCTTTTCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGAttttttt > 1:2474043/1‑150 (MQ=255) tCTGCTTAACTACCGACGCTTTTCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGATTTTTTTTg < 1:837396/150‑1 (MQ=255) tCTGCTTAACTACCGACGCTTTTCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGATTTTTTTTg > 1:4515668/1‑150 (MQ=255) tCTGCTTAACTACCGACGCTTTTCATCGGATGACAAATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGTGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGAGGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGATTTTTTATg > 1:766393/1‑150 (MQ=255) cTGCTTAACTACCGACGCTTTTCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGATTTTTTTTGa < 1:4258946/150‑1 (MQ=255) 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ttttCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGATTTTTTTTGATATTGATTTGGTGAatat > 1:2958335/1‑150 (MQ=255) ttttCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGATTTTTTTTGATATTGATTTGGTGAatat < 1:2430572/150‑1 (MQ=255) tttCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGATTTTTTTTGATATTGATTTGGTGAAtatt > 2:2075255/1‑150 (MQ=255) ttCATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGATTTTTTTTGATATTGATTTGGTGAAtatta < 2:4725064/150‑1 (MQ=255) cATCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGATTTTTTTTGATATTGATTTGGTGAATattatt > 1:1653190/1‑150 (MQ=255) tCGGTTGACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGATTTTTTTTGATATTGATTTGGTGAATATTATTGa < 1:4462721/150‑1 (MQ=255) gACATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGATTTTTTTTGATATTGATTTGGTGAATATTATTGATCAAtt < 2:3101109/150‑1 (MQ=255) aCATATTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCTATTTTTTTTGATATTGATTTGGTGAATATTATTGATCAATTa < 2:3196426/150‑1 (MQ=255) atatTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGATTTTTTTTGATATTGATTTGGTGAATATTATTGATCAATTAAt < 2:4138840/150‑1 (MQ=255) atatTTCAGCATAAATTTTTGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGATTTTTTTTGATATTGATTTGGTGAATATTATTGATCAATTAAt < 1:4323998/150‑1 (MQ=255) 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ttGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGATTTTTTTTGATATTGATTTGGTGAATATTATTGATCAATTAATGTTAAGAATTAATGCAtt < 1:206985/150‑1 (MQ=255) ttGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGATTTTTTTTGATATTGATTTGGTGAATATTATTGATCAATTAATGTTAAGAATTAATGCAtt < 1:1452275/150‑1 (MQ=255) tGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGATTTTTTTTGATATTGATTTGGTGAATATTATTGATCAATTAATGTTAAGAATTAATGCATTa < 1:13150/150‑1 (MQ=255) tGCATCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGATTTTTTTTGATATTGATTTGGTGAATATTATTGATCAATTAATGTTAAGAATTAATGAATTa > 1:3153299/1‑150 (MQ=255) aTCTAATCAACGAGGAAAAAGGGGACAAAATGCACGCGTTGCAAAACCTATCCTGATGATTTGTATTGAATTATATGTTTTGCGATTTTTTTTGATATTGATTTGGTGAATATTATTGATCAATTAATGTTAAGAATTAATGCATTAAat < 1:3095857/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |