| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 729,149 | G→A | 15.0% | D1371N (GAT→AAT) | rhsC → | Rhs family putative polymorphic toxin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 729,149 | 0 | G | A | 15.0% | 833.3 / 124.1 | 288 | D1371N (GAT→AAT) | rhsC | Rhs family putative polymorphic toxin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (88/153); new base A (10/33); total (98/190) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
TTGTGACCTCGTTGAAACCGATAATAGTTGTGTGGAGAACTGTTTAAAAGGGAAGTTTAAAGAGGTAAGGCCGCGTTATTCTGTATTGCCTGATATATTCACACCTATAAATTTAGGGCTATTTAAAAACTGCCAAGACTGGTCTAATGATTCTTTAGAAACATGTAAGATGAAGTGCTCCGGAAATAACATTGGACGTTTTATTAGATTTGTATTCACCGGAGTGATGTAATGAAATATATTATTTTTTTATTCAGAGCTATATGGCTGGCTTTATCGCTTTTAATACTATTCTTT > CP009273/729001‑729297 | tgtgACCTCGTTGAAACCGATAATAGTTGTGTGGAGAACTGTTTAAAAGGGAAGTTTAAAGAGGTAAGGCCGCGTTATTCTGTATTGCCTGATATATTCACACCTATAAATTTAGGGCTATTTAAAAACTGCCAAGACTGGTCTAATGAt > 2:2667706/1‑150 (MQ=255) tgtgACCTCGTTGAAACCGATAATAGTTGTGTGGAGAACTGTTTAAAAGGGAAGTTTAAAGAGGTAAGGCCGCGTTATTCTGTATTGCCTGATATATTCACACCTATAAATTTAGGGCTATTTAAAAACTGCCAAGACTGGTCTAATGAt < 2:3953634/150‑1 (MQ=255) gtgACCTCGTTGAAACCGATAATAGTTGTGTGGAGAACTGTTTAAAAGGGAAGTTTAAAGAGGTAAGGCCGCGTTATTCTGTATTGCCTGATATATTCACACCTATAAATTTAGGGCTATTTAAAAACTGCCAAGACTGGTCTAATGAtt < 2:1710201/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |