| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP009273 | 744,267 | C→T | 5.8% | E58K (GAA→AAA) | ybgO ← | putative fimbrial protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP009273 | 744,267 | 0 | C | T | 5.8% | 1159.9 / 40.9 | 312 | E58K (GAA→AAA) | ybgO | putative fimbrial protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (145/149); new base T (7/11); total (152/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
GTAATCGACACCGTTGTATGTCACGCCGAGTTGATAATAACGATCCTGCACCCCCGGATAGGGGTTTACCCAGGCGTAGACATGCTCGCTTTCAAAGTTGCCGTTGGTATTGTTGTCACAATAGACGGGAATTTTAATATCGTCAGATTCCCAGATCTTATCACCGGGTTTGGCATTGCCTGGTACAGCAAACGGTTGAATCGCTTCTGATTTTTCTACTGCGCCACCAGATGTACCAAAATAGCAGTTCAGCGCCATTGCAGACTTCAACGGCAGAAATAACAGGCAGATGACGAGCA > CP009273/744118‑744416 | aaTCGACACCGTTGTATGTCACGCCGAGTTGATAATAACGATCCTGCACCCCCGGATAGGGGTTTACCCAGGCGTAGACATGCTCGCTTTCAAAGTTGCCGTTGGTATTGTTGTCACAATAGACGGGAATTTTAATATCGTCAGATTccc > 1:4554281/1‑150 (MQ=255) aaTCGACACCGTTGTATGTCACGCCGAGTTGATAATAACGATCCTGCACCCCCGGATAGGGGTTTACCCAGGCGTAGACATGCTCGCTTTCAAAGTTGCCGTTGGTATTGTTGTCACAATAGACGGGAATTTTAATATCGTCAGATTccc < 2:2673475/150‑1 (MQ=255) aTCGACACCGTTGTATGTCACGCCGAGTTGATAATAACGATCCTGCACCCCCGGATAGGGGTTTACCCAGGCGTAGACATGCTCGCTTTCAAAGTTGCCGTTGGTATTGTTGTCACAATAGACGGGAATTTTAATATCGTCAGATTCCCa > 2:2917563/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |