Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 761,420 | C→T | 22.5% | intergenic (‑89/‑20) | mngR ← / → mngA | Transcriptional repressor for the mannosyl‑D‑glycerate catabolic operon/fused 2‑O‑a‑mannosyl‑D‑glycerate specific PTS enzymes: IIA component/IIB component/IIC component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP009273 | 761,420 | 0 | C | T | 22.5% | 633.2 / 191.9 | 275 | intergenic (‑89/‑20) | mngR/mngA | Transcriptional repressor for the mannosyl‑D‑glycerate catabolic operon/fused 2‑O‑a‑mannosyl‑D‑glycerate specific PTS enzymes: IIA component/IIB component/IIC component |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.97e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
CACGCGCAATTTGTTCACGAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTTCAATCAAGTGAAATTGATCACATAATGGTATTGTTTTATCGGGCACACTGGCGCGACTATAAAAACGATCAAGTGAGGATCATGATGAATCTGACGACTCTGACCCACCGCGATGCGTTGTGTCTGAATGCGCGCTTTACCAGCCGTGAAGAGG > CP009273/761271‑761569 | cACGCGCAATTTGTTCACGAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTtcaatc > 2:468750/1‑150 (MQ=255) cACGCGCAATTTGTTCACGAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTtcaatc > 2:345318/1‑150 (MQ=255) aCGCGCAATTTGTTCACGAATGCGATCGGCAATCTGCCGGTATAAGGGCTTGTGTCCCATTTTTAGTATCTCATTAATACGAATTTAACCATTATGCCCGATAAATTCATCCTGTAAATAATACAAATACAATACAAATAATTtcaatca > 2:1543309/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |