Predicted mutation | |||||||
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RA | CP009273 | 90,252 | G→T | 6.5% | A200A (GCG→GCT) | murE → | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑L‑alanyl‑D‑glutamate:meso‑ diaminopimelate ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 90,252 | 0 | G | T | 6.5% | 1392.2 / 43.9 | 352 | A200A (GCG→GCT) | murE | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑L‑alanyl‑D‑glutamate:meso‑ diaminopimelate ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (160/169); new base T (11/12); total (171/181) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 367 total aligned reads displayed.
AAAGTGATCCCGACAGAAAATACAACCGGTTCGGCAGTCGATGTTCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCT > CP009273/90103‑90401 | aaGTGATCCCGACAGAAAATACAACCGGTTCGGCAGTCGATGTTCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTgcgg < 2:4916468/150‑1 (MQ=255) aGTGATCCCGACAGAAAATACAACCGGTTCGGCAGTCGATGTTCAGCAAGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCAGGTACAGCACCGAGTGGCGGCATTGAAATATgcggc > 2:80908/1‑150 (MQ=255) tGATCCCGACAGAAAATACAACCGGTTCGGCAGTCGATGTTCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCTGCGt > 1:5142646/1‑150 (MQ=255) gATCCCGACAGAAAATACAACCGGTTCGGCAGTCGATGTTCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTc < 1:3818635/150‑1 (MQ=255) aTCCCGACAGAAAATACAACCGGTTCGGCAGTCGATGTTCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCTGCGTCg < 1:4100180/150‑1 (MQ=255) aTCCCGACAGAAAATACAACCGGTTCGGCAGTCGATGTTCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCg > 1:3069790/1‑150 (MQ=255) tCCCGACAGAAAATACAACCGGGTCGGCAGTCGATGTTCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCgg < 2:1318900/150‑1 (MQ=255) cccGACAGAAAATACAACCGGTTCGGCAGTCGATGTTCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGt > 2:4844208/1‑150 (MQ=255) cccGACAGAAAATACAACCGGTGCGGCAGTCGATGTTCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGt < 2:3262209/150‑1 (MQ=255) cGACAGAAAATACAACCGGTTCGGCAGTCGATGTTCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCt > 1:2277586/1‑150 (MQ=255) cGACAGAAAATACAACCGGTTCGGCAGTCGATGTTCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCt < 1:1865796/150‑1 (MQ=255) aCAGAAAATACAACCGGTTCGGCAGTCGATGTTCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCttt < 2:4613861/150‑1 (MQ=255) aCAGAAAATACAACCGGTTCGGCAGTCGATGTTCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCttt > 2:3114263/1‑150 (MQ=255) 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tCGGCAGTCGATGTTCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGAt > 2:2200178/1‑150 (MQ=255) ggCAGTCGATGTTCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCTGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCa < 2:1544062/150‑1 (MQ=255) ggCAGTCGATGTTCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCa > 1:3266565/1‑150 (MQ=255) cAGTCGATGTTCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCTGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCAcc > 1:2201641/1‑150 (MQ=255) cAGTCGATGTTCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCAcc > 2:4744726/1‑150 (MQ=255) 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aaTTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGgccgcc < 2:4485171/150‑1 (MQ=255) ggcgTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCgctggct < 1:3183059/150‑1 (MQ=255) | AAAGTGATCCCGACAGAAAATACAACCGGTTCGGCAGTCGATGTTCAGCATGAGCTGGCGGGGCTGGTGGATCAGGGCGCGACGTTTTGCGCAATGGAAGTTTCCTCCCACGGGCTGGTACAGCACCGTGTGGCGGCATTGAAATTTGCGGCGTCGGTCTTTACCAACTTAAGCCGCGATCACCTTGATTATCATGGTGATATGGAACACTACGAAGCCGCGAAATGGCTGCTTTATTCTGAGCATCATTGCGGTCAGGCGATTATTAACGCCGACGATGAAGTGGGCCGCCGCTGGCT > CP009273/90103‑90401 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |